2．部门档案馆是国有档案馆，但不是国家档案馆。
部门档案馆是中央和地方某些专业主管部门所属的，收集管理本部门档案的机构。部门档案馆的设置尝试则可追溯到新中国成立初期的50年代末60年代初。1958年9月，中国电影资料馆成立，同年测绘资料馆成立，这两个馆就是部门档案馆的雏形。1960年到1966年，当时的第一机械工业部、第三机械工业部、第五机械工业部、第六机械工业部、第七机械工业部、铁道部、第四机械工业部都相继成立了本部门档案馆，集中管理本部门或本专业系统的档案。①1980年12月17日，国家经委、国家建委、国家科委、国家档案局发布的《科学技术档案工作条例》规定：“国务院所属各专业主管机构根据需要建立专业档案馆，收集和保管本专业需要长期和永久保存的科技档案。”其中所言的“专业档案馆”应属于“部门档案馆”的范畴。1992年颁布的《全国档案馆设置原则和布局方案》中又规定：外交部、安全部、最高人民法院、最高人民检察院、公安部，某些形成专门业务和科学技术档案数量大的中央专业主管部门等，可以设置本部门档案馆。省（自治区、直辖市）以及计划单列市、特大城市的有关专业主管部门，根据实际情况，经同级人民政府批准也可设立地方部门档案馆。而今部门档案馆数量不断增长，成为我国国有档案馆体系的一个重要组成部分。
部门档案馆与国家档案馆的主要区别在于：
首先，设置机构不同，部门档案馆绝大多数是一级政府的业务部门设立的，是专业主管部门的一个内设机构，归属于有关业务部门直接领导，大多数情况下是不具有独立法律行为能力的内设机构；而各级国家档案馆是一级政府设置的，归口由同级档案行政部门管理，各级国家档案馆具有独立的法律行为能力，独立地行使法律法规授权的保管与管理国家所有的档案信息资源、提供利用服务的职权。国家档案馆是全国国有档案馆系统的构成主体，而部门档案馆在国有档案馆总数中所占比例较少。
其次，各级国家档案馆是永久保管档案的场所，而部门档案馆则可能是永久性档案馆，也可能是过渡性档案馆。根据1992年国家档案局发布的《全国档案馆设置原则和布局方案》的要求，除外交部档案馆、安全部档案馆是收集并永久管理本部门及其直属单位形成的档案外，大多数的部门档案馆只是中间过渡性的档案管理机构。例如：最高人民法院、最高人民检察院、公安部等部门档案馆中具有永久保存价值的档案，在本部门档案馆保存50年后向中央档案馆移交；某些形成专门业务和科学技术档案数量大的中央专业主管部门档案馆保存的具有永久保存价值的档案，要按规定向中央档案馆移交。
再次，从馆藏档案资源看，无论部门档案馆所保管和管理的档案数量规模多大，内容多重要，其档案都只反映了本部门职能活动的情况；而国家档案馆保存的是一级政府所辖行政区域范围内形成的多种门类的、多个工作领域的档案，更能体现一级政府行政活动的全貌。同时，在利用服务方面，部门档案馆则是机关内部的档案管理机构，其服务对象也大多是本部门、本单位及其工作人员，即使在政府信息公开背景下向社会提供利用服务，也主要是依申请提供利用服务；而各级国家档案馆是政府主动提供档案信息公共服务的专门机构，它必须面向社会，履行其公共服务职能，为公众（各类组织及公民个人）提供档案信息服务。
3．专门档案馆与部门档案馆是两个不同的概念。
《全国档案馆设置原则和布局方案》中指出：“专门档案馆指收集和管理某一专门领域或某种特殊载体形态档案的档案馆”，“部门档案馆是中央和地方某些专业主管部门所属的，收集管理本部门档案的事业机构。”方案中对二者的界定比较模糊，人们在理解和使用中往往将二者混为一谈。此外，在现实中，专门档案馆和部门档案馆大多隶属于各类业务主管部门，也容易使人们混淆不清。
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