从古到今，研究和教学机构就在寺院，从11世纪俄大译师在桑普寺建立辩经学院、设立学位制以来，各大教派在藏区各地建立了上千座辩经学院，把寺院办成了学习研究佛学、培养佛教人才的学术殿堂；寺院造就了一大批学有造诣的学者，把佛教显密经典理论研究推向了高峰，许多高僧翻译的佛教文献典籍和留下的藏传佛教著作，不仅包含佛教教义及宗教哲学、逻辑学内容，还包括语言学、文学、工艺学、医药学、天文历算等众多学科领域；古籍在寺院，自佛教传人藏区以来，藏区和印度的僧人都致力于翻译、阐明佛教经典，使在印度失传的许多佛教经典都以藏文形式保留了下来，在近代以后形成了有趣的佛教典籍回流印度的现象；辩论式的学习研究方式也在寺院，直至今日，藏传佛教寺院中还在延续辩经的学习方法，这种平等辩论的学习方法，已经成为一种优良的传统，对藏传佛教乃至藏族文化的发展产生了重要影响，有资料反映，辩论的方法甚至用在了医学领域。
三是有强大的政治经济功能。
史料记载，1264年忽必烈在中央政权设置总制院，掌管全国佛教和藏区事务，并命萨迦第五祖八思巴以国师身份兼管总制院事，1269年又册封八思巴为“帝师”，将藏区13万户的政教大权赏赐给他。藏区政教合～制度开始萌生。
1354年，由朗氏家族主持的帕木竹巴噶举派开始掌管藏区地方政教的大权，得到明朝中央政府的册封。帕木竹巴政权建立之后，颁布了《法典十五条》等一系列法规，设立宗本制度，使政教合一制度得以进一步加强。
1642年，格鲁派在藏族社会上的优势地位最终确定，掌管政教大权，在哲蚌寺建立噶丹颇章政权。1653年，五世达赖喇嘛受到清朝政府的册封。此后清乾隆朝先后出台了《酌定西藏善后章程十三条》及《钦定藏内善后章程二十九条》。不仅实现了清政府治理西藏走向制度化、规范化，还由此正式确定了藏传佛教格鲁派达赖系统和班禅系统的宗教领袖地位，使之与驻藏大臣列于平等的地位，共同履行对藏区的治理权。这一时期成为藏区政教合一制的完备期。
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