1972年，马老患直肠癌。这时他已91岁高龄了，北京医院大夫又请天津人民医院等单位的名医会诊。有的大夫主张放射和药物治疗，也有的大夫主张手术治疗。家属们联名向周恩来总理写了报告，要求手术治疗。周总理迅速批示：“本人有动手术的要求，家属又坚持手术，医院应当从手术着想，组织会诊，议后望告。”北京医院又召开扩大的会诊会，决定分两次进行的手术治疗方案。5月第一次手术是腹部造痿。6月第二次手术是直肠癌手术切除。91岁老人的直肠癌手术非常成功，术后几天就痊愈了，创医学史上的新纪录。
1975年春节，周总理身患重病，仍惦记着马寅初，他指派两位医生到马老家探望。马寅初先生感动得老泪纵横，不止一次地对人说：“周总理是我的救命恩人！共产党救了我的命！”
1976年1月9日，周总理病逝，马老听到噩耗不禁失声痛哭。他不顾亲友的劝阻，一定要去参加吊唁和向周总理遗体告别。他激动地说：“我死了也要去！”“1939年在重庆第一个引导我认识怎样救中国的是周总理；蒋介石逮捕我，营救我最出力的是周总理；我在狱中，重庆举行庆祝六十寿辰大会，周恩来、董必武和邓颖超同志送对联鼓励我支持我；安排我离开国民党狼窝虎口经香港去解放区的是周总理；这次‘文化大革命’指示保护我的又是周总理；1972年患直肠溃疡（引用者按：家人不敢将直肠癌实情告诉他，谎称是直肠溃疡，而且一直瞒着他），正是在周总理的直接关怀照顾之下，手术才得以成功。他自己已患重病，还特地派医生来看望我。我一定要去吊唁，万一去吊唁而死了，我也心甘情愿。”他坐着轮椅去向周总理遗体鞠三个躬，绕遗体一周后，还不肯告退，坚决要求再绕一周。最后，又让家属把他勉强扶起来，站着向周总理遗体行了三鞠躬礼。
1981年6月24日，马寅初先生在北京医院度过了他的百岁寿辰。北京大学举行了马寅初名誉校长从事教育活动65周年和百岁寿辰庆祝会。北京大学出版社出版了《马寅初经济论文选集》。教育部在贺信中说：“在您任教65周年和百岁寿辰之际，我们谨向您表示热烈的祝贺和诚挚的敬意！祝贺您几十年来为祖国教育事业、经济建设事业、学术研究工作作出的积极贡献，学习您拥护党、热爱社会主义祖国、忠诚党的教育事业、爱护青年一代的可贵精神。我们相信我国的教育事业，‘四化’建设事业，一定会像您所希望的那样，日益繁荣昌盛，祝您健康长寿！”北大收到了大量的贺诗、贺信、贺电、寿联、寿帐和文章。他的五四运动时期的学生许德琦先生写了祝贺诗：“百岁期颐，学界泰斗。桃李满园，循循善诱。深谋远虑，国家人口。松柏长青，谨以为寿。”
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