南京人类活动史可以追溯到距今60万年前的汤山猿人，建城史可以追溯到公元前472年越王勾践命范蠡修建的越城，建都史以公元229年东吴定都建业为起点。
古人类足迹
南京最早的人类化石——汤山古人类化石
汤山古人类化石的发现地点位于江宁区汤山街道雷公山葫芦洞，是南京地区最早的古人类遗址，距今约60万年。1993年，当地政府在对葫芦洞进行旅游开发时，发现两件古人类头骨化石和一批动物化石。一号头骨属于一名壮年女性，二号头骨属于一位壮年男性。汤山古人类被命名为“南京直立人”，俗称“南京猿人”。南京猿人头骨化石是现存中国生活年代最久远的猿人头骨化石。出土化石现藏南京市博物馆。
旧石器时代人类——神仙洞古人类化石
神仙洞古人类化石地点位于溧水县白马镇回峰山北麓。1977年在此发现了一批古脊椎动物化石和一件成年女性右颞骨化石，距今11000年，属旧石器时代晚期，略晚于北京周口店山顶洞人。神仙洞中发现的陶片，是我国目前发现年代最早的陶器。出土化石现藏南京博物院和南京地质博物馆。
金陵第一古村落——薛城文化遗址
薛城遗址位于高淳县淳溪镇（原薛城乡），是南京地区面积最大、年代最早的新石器时代文化遗址。遗址现存面积6万平方米，分为上、下两层。上层为分布密集的氏族墓地，距今约5 500至6 000年；下层为居址，距今约6 000至6 300年。遗址地域特征鲜明，填补了长江下游苏、浙、皖三省交会地带史前考古的空白。
南京城市文明的发源地——北阴阳营文化遗址
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——（三国）诸葛亮
江南佳丽地，金陵帝王州。
——（南朝）谢眺
芰荷声里孤舟雨，卧入江南第一州。
——（北宋）张耒
南京为中国古都，在北京之前，其位置乃在一美善之地区，其地有高山、有深水、有平原，此三种天王钟毓一处，在世界之大都市诚难觅如此佳境也。
——（中华民国）孙中山
虎踞龙盘今胜昔，天翻地覆慨而慷。
——毛泽东