在王允代替董卓主持朝政后，对长安的朝廷来说，天下的政治格局发生了显著的变化。关东诸侯虽仍保持着半割据的态势，可以往的对立态度基本消弭了，各方已放弃了武力对抗的立场。
让王允感到欣慰的，是原本属于长安体系的军事力量的归附。这股庞大的军事力量，先前完全受董卓控制，在事变之后，驻扎在关中的一部分随着政治形势的变化，已经通过王允颁布的大赦令，开始效忠于朝廷。
人人都以为王允是杰出的政治家，都以为吕布是头脑简单的武夫。然在复杂的局势下，两人对如何处理董卓留下的事务，却与他们给人的印象有着很大的不符。
在对待董卓部曲的问题上，两入产生了极大的分歧。
王允是儒士，本着王道浩荡的精神，欲以德化度，让他们洗心革面，以此改造过来。吕布是武夫，可经验告诉他，部曲长期跟随董卓，结下了根深蒂固的关系，求生的本能，使他们会暂且屈服大势，可恋主的情结以及利益的损失，必然导致深深的不满，早晚是一种祸害。
按照自己的见解，吕布劝王允采取极端手段，将董卓部曲全部杀掉，以绝后患。
王允摇头，坚持己见，回答说：
“此辈无罪，不可滥杀。”
接着，两人对如何处置董卓的财产，又发生了分歧。
吕布认为，这些财产，应分赐给公卿、将校，以收文臣武将之心。
王允认为，这些财产，为董卓搜刮侵吞而来，是公物，当缴入国库。
两人虽都有辅政之任，可拍板权在王允手中，由他说了算。由此，董卓部曲得以保存下来，董卓财产作了入库处理。
如果说，两人之间的关系，仅仅因这些分歧，那还不要紧。严重的是，两人没有停留于此，而是在意气上逐渐出现了问题。
两人曾有过密切的关系，那是王允为了拉拢吕布，降贵纡尊，不止是利用，很有些真诚的成分；吕布为了摆脱董卓的潜在威胁，希望王允能给他指出一条生路，对王允也是掏心掏肺。利益决定关系，他们的良好合作关系，随着董卓这个共同敌人的消失，双方都自然而然地逐渐纯粹从自己的立场来处世了。
道不同不相为谋。道同时，再怎样一个入一任怎么看，都人眼，即使粗鄙能看出妩媚，即使狡猾能看出老道。道不同时，一切都变化了，粗鄙是低能，狡猾是奸诈，横看竖看不舒服。
在王允眼里，同样一个吕布，谋董时是个豪杰，一个能扭转乾坤的豪杰：辅政时不过是个剑客，一个根本不懂政治为何物的剑客。相处间，礼敬中透着轻慢，客气中透着冷漠。
吕布自仗有诛灭董卓的大功，希望王允时时记着他的功劳，在言语中多给他一些感觉。可王允偏不说。王允不说，他自己说，经常将功劳挂在嘴上，夸夸其谈，搞得王允很不舒服。
各人使着各人的意气，矛盾便从中滋生了。
王允一直很得人心，他沉静，遇事有足见，在漫天的阴霾中诛除了董卓，更使他获得了众人的爱戴和敬佩。但成为首席大臣后，他的作派变了，因畏惧董卓而表现出来的外柔内刚，变成了锋芒毕露，对人缺乏必要的温和。他怕董卓的强横，故而折节屈从。现董卓被除掉了，他认为再也没人能制约自己，情不自禁地恢复了原来的面貌。
他疾恶如仇，容不得人犯过错。
他居安忘危，现出了骄傲相。
如此的作派，在和吕布有了矛盾后，又与群臣拉开了距离。这种距离，不是领袖与群体合适的距离，而是一种渐失人心的距离。在某种程度上，他步了董卓的后尘，群臣对他表面敬畏而实际疏远。
王允的严正，没人敢向他进真言，呈真相。
向来做事果断的王允，又犯了一个错误，在对待董卓部曲上，朝令夕改。诛灭董卓之时，他和士孙瑞商议，特地下诏赦免董卓部曲。过了些时间，他觉得不妥，对士孙瑞说了他的疑虑：
“部曲从其主。今以附恶逆之名而赦免，恐反让他们陷入忧虑之中，不是安其心的好办法。”
说后，也不等士孙瑞表态，王允宣布取消赦免令。
关中的董卓部曲，还容易处理，他们无论是什么想法，在王允的绝对权威下，只能听命。问题是，被董卓留在关东的部曲，即驻扎陕县（今河南三门峡西）对付诸侯们的部队，在董卓女婿牛辅的统辖下，尚未归顺朝廷。
对待这股势力，王允的对策是，撤销其军队的名号，命令他们解甲归田。关中的董卓部曲，也按同样的方法处置。
……
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