计划经济时期，中国科技体制主要沿袭计划经济的框架，国有官营比重过大，形成政府独立出资不堪重负，科研机构、大学研究与产业发展不对接，企业研发缺乏动力等体制性障碍。官、研（学）、企科技创新体系由于缺少利益贯穿导致效益不佳，紧缺的科技研发资源被低效率利用的现象普遍存在。因此，中国科技创新有赖于科技制度创新。要不断调整科技创新产业的所有制结构，鼓励科技研发主体多元化，积极引入市场竞争机制，赋科技创新以经济活力。
改革开放以来，党和国家高度重视科技体制机制的创新，继1985年中共中央发布《关于改革科学技术体制的决定》以及1999年中共中央、国务院发布《关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》之后，2003年党的十六届三中全会做出关于加快经济体制改革的决定，又在有关科技工作的宏观调控、军民结合，以及自然科学与社会科学的融合三个问题上实现了突破，这三个问题多年来一直是困扰科技发展的重大体制性障碍。2003年10月科技部办公厅副主任梅永红曾撰文提出，十六届三中全会实现了三个突破。突破一，强调加强科技宏观调控。宏观科技管理体制滞后，已成为制约科技发展的最主要障碍。具体表现在三个方面：一是科技资源高度分散；二是科技资产利用率十分低下；三是科技积累效应低下。突破二，军民结合、寓军于民、协同创新的战略举措。经济建设与国防安全是未来20年中国科技必须服务的两大任务，必须把这两个任务融合起来，统筹考虑改革当前军民分割的科技体制已迫在眉睫。在新的历史发展阶段，在军民结合的问题上，必须进一步推动加强国防军工生产与市场经济紧密结合的体制，建立开放的环境和条件，保障各种有效资源的优化配置和充分利用，促进科技要素在军民之间的双向流动和转移。在新世纪新阶段，要抓好军民结合、平战结合的宏观控制，提高军民兼容程度，增强平战转换和国防动员能力，形成长期稳定的军民融合创新体系及运行机制。突破三，管理体制要创新。
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