1916年，在北大文科讲授“中国文学史”，并兼任北京高等师范教授。蔡元培任北大校长后，朱希祖成为教学的主力。1917年9月，北大文科增设史学门，朱希祖任史学门主任，后为史学系主任。1919年10月，置产于北京德胜门内草厂大坑21号，有房屋三十余间，全家迁至新宅。次年10月，又置别业于积水潭北岸，负郭面湖，风景极佳。自此，喜聚书藏书的朱希祖有了较为宽裕的地方放置藏书。
在北大，朱希祖是所谓“卯字号”的名人，他与同年的文科学长陈独秀是“卯字号”中的“老兔”。“小兔”则有胡适、刘半农、刘文典、林损等。
1921年1月，朱希祖与周作人、郑振铎、沈雁冰等12人发起成立五四运动后第一个新文学团体“文学研究会”，朱希祖为入会号数的第一名，他参加了文学研究会读书会的诗歌组。
1927年，奉系军阀张作霖入京后，改组北京大学为“京师大学”，朱希祖遂改任清华大学教授。这一年，朱希祖治元史，又刻意搜求南明史籍（他游学日本时，即开始搜购南明史籍）。1928年北大复校后，又回北大任教，并兼任清华、辅仁等校教授。
1928年，他发起成立中国史学会，12月30日，中国史学会召开筹备会，朱希祖为主席。此时，他被推举为故宫博物院审查清史稿主任。次年，中国史学会正式成立，他被选为委员会主席和征审部主任。
1931年，朱希祖辞去北大史学系主任，改任中央研究院研究员。1932年，广东中山大学电聘朱希祖为史学系主任，因两粤为南明诸王兴兵抗满之地，因而他极愿去，以便在那里继续搜求南明史料。
1934年1月，南京中央大学校长罗家伦聘朱希祖为史学系主任，他欣然前往。此后，他就在中央大学任教，但仍担任北大的名誉教授。
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