纵向财政失衡的存在，是实施财政转移支付的依据之一。纵向财政失衡是针对多级财政体制中，上下级政府之间财政收支差异的状况而言的。在各级政府之间既定的支出范围和收入范围得以确定之后，当某一级政府财政面临着赤字，而其他级次政府却出现盈余时，就意味着纵向财政失衡问题的存在。具体地看，在许多国家，按照事权和财权划分的标准，将事关维护国家权益、税基广、增长快、潜力大和有利于实施宏观调控的税种划为中央收入，并将税源分散、与地方经济和社会发展密切相关且易于征管的税种划为地方收入后，在这样的收支划分格局下，有可能使中央政府掌握较多的财力，而使地方财政处于收不抵支的境况。这是纵向财政失衡的第一种形式，也是常见的一种纵向失衡的形式。第二种形式是，在财政实践过程中，也可能会出现地方财力相对过多，而中央财力相对不足的状况。无论从公平还是从效率的角度看，这两种形式的纵向失衡问题都需要切实得以解决，从而达到纵向财政均衡。而主要的解决办法，便是协调上下级政府之间的资金往来关系，运用财政转移支付政策和手段。
财政转移支付制度的存在，还与横向财政失衡问题有关。从经济社会发展的视角来看，一个国家内各个地区之间各种要素禀赋条件的差异性是绝对的，而条件的同一性则是相对的，当国土面积较大时，更是如此。这就意味着，地区间经济发展均衡只是一个相对概念，绝对的均衡是不现实的。各个地区之间的这种差异，必然导致财政收支方面的差异。从收入方面来看，由于各个地区之间经济基础、产业结构、收入水平等方面的不同，使得财源的分配情况也有很大的差异；从支出来看，各地区之间存在不同的发展程度、自然条件、人口规模和结构、行政管理规模等方面的区别，因而在支出需求上也是各不相同的。一个国家内不同地区之间经济发展程度差异在财政上的具体体现，便是发达地区财政收入充裕，而落后地区则税源狭小，财政状况拮据。而与此同时，落后地区却比发达地区更需要大量的基础设施方面的投资。当比较富裕的地区出现财政盈余，而不太富裕的地区却面临着财政拮据状况时，就意味着横向财政失衡问题的存在。在许多情况下，富裕地区能够为其居民提供较高水准的公共产品和服务，而贫困地区却难以提供最基本的公共产品和服务，这也应该视为横向财政失衡的一种表现。显而易见，横向财政失衡状况的存在和加剧是不利于各地区均衡发展和社会共同进步的。通过转移支付方式，可以扶持落后地区的发展，增加财政资金的边际效用。通常，在发达和落后地区之间，是无法自动形成这种财政资金转移的，因为各地方财政的收支活动都会以本地利益为出发点和归宿点。但中央政府代表着国家的整体利益，有责任运用倾斜性政策，采取转移支付的预算调剂方法，协调各个地区之间的经济发展。
除了上述两个原因之外，财政转移支付制度存在的依据还与公共产品的外部性以及税收划分方式的不足不关。严格地讲，地方政府提供区域性公共产品的受益范围几乎不可能恰好被限定在地方政府的辖区之内。
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