一是额尔古纳支线：司令部设富拉尔基，由朱布科夫斯基上校任指挥，统辖5个骑兵连，1个半步兵连，分布于满洲里至哈尔滨之间全长920公里的线路上。二是松花江支线：司令部设一面坡，由捷尼索夫上校任指挥，统辖9个骑兵连和3个半步兵连。其兵力部署西从哈尔滨车站东至绥芬河车站，全长540公里的线路上；三是旅顺口支线：司令部设铁岭，由米先科上校任指挥，统辖5个骑兵连和3个步兵连。分布于哈尔滨至旅顺口之间（包括营口和大连湾两条支线）980余公里的线路上。
除此之外，俄护路军还派出一部分兵力，到远离铁路线以外的要害地区设据点，以保障铁路公司所需物资的安全采集运送①。这样，近5000名俄护路军进人中国东北境内实施护路，给中国东北边疆的稳定和安全带来了极大的威胁。同时，俄国护路军作为军事力量进入中国境内，给中俄两国关系发展带来的危机是非常明显的。第一，俄国单方面以《铁路公司章程》条款来否定两国签订的《铁路公司合同》条款，是一种赤裸裸的欺诈行为。《合同》规定，“凡该铁路及铁路昕用之人，皆由中国设法保护”，而《章程》却变为“中国政府承认设法担保铁路及其执事人员之安全”，把中国政府对铁路的保护权篡改为“设法担保”。更为严重的是，对如此有关国家主权条款的改变，在中国政府不得与闻的情况下，在中国政府表示抗议的情况下实行，这实际上是对中国主权的公然侵犯。
第二，由铁路公司委派警察本身已经是对两国签署《合同》的违背，而俄当局派出的却不是警察而是正规部队。俄财政部长维特从中国和国际社会的角度，特别是从有利于财政部控制的角度，反对抽调正规部队，极力主张由财政部组建一支“特殊部队”。俄为表明这支“特殊部队”为非正规军，特意在服饰方面做了精心设计。无论官兵，制服式样相同，一律不带肩章，只在军官制服的肩上饰以镀金丝绦以区别于士兵。
展开
