一是按项目主体确定。每一个研发项目都有其立项主体，取得的知识产权归研发项目主体所有。企业立项进行研究开发，所取得的知识产权归该企业所有。但现实中存在一些不正常的现象，有的民营科技企业投入资金、组织研发人员进行课题研究，取得了研究成果，按理应由企业申请专利、软件著作权等，却由企业主以个人名义申请专利或软件著作权；有的外资企业投入资金、组织研发人员进行课题研究，知识产权却归其境外的母公司所有。
二是按照有约定依约定的原则。在委托研发、合作研发中，合作各方对知识产权归属有约定的，就按照约定确定知识产权归属。前述两家企业均是按照这一原则确定知识产权归属的。在约定归属时，又要注意以下两点：其一，要兼顾合作各方的主要利益诉求。合作各方要就各自的利益诉求点及其原因进行充分沟通，在相互尊重、合作共赢的原则下，坚持主要利益诉求点，放弃一般的利益诉求。例如，一些企业在与高校合作中，高校坚持享有知识产权的所有权，企业可无偿享有知识产权的独占实施许可权。因为高校比较注重研发成果的数量与水平，而知识产权所有权是衡量其研发成果数量与水平的重要指标；企业比较注重知识产权的独占实施权，以实现知识产权的经济利益。其二，对共有的知识产权还要进一步约定其实施权与转让权。知识产权所有权可分为占有权、使用权（即实施权）、处分权（即转让权与许可权）和收益权四项权能，合作各方还要进一步约定实施权、转让权、许可权和收益权等权能的归属，以规避知识产权风险。例如，注塑机企业以控股智能控制系统公司来达到掌握注塑机控制器核心技术的目的。
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