上海财经大学财经研究所是上海财经大学惟一独立建制的综合性专职科研机构，现任所长为赵晓雷教授。财经研究所现有区域经济学博士点、硕士点，国防经济博士点、硕士点，农业经济管理博士点、硕士点，能源经济与环境政策博士点、硕士点，城市经济与管理硕士点，面向国内外招收博士研究生、硕士研究生。
财经研究所的专职科研队伍由具有博士学位及高级职称的专业人员组成。主要研究领域有区域经济、城市经济与管理、房地产经济、宏观经济分析与预测、公司治理与产权理论、世界经济、农业经济管理、资本市场、能源经济等。研究人员擅长的外语语种有英语、俄语、日语、韩语、法语等，并与美国、英国、法国、日本、俄罗斯、韩国、中国香港、中国台湾、中亚等国家和地区进行广泛的学术交流与合作，互派访问学者。
财经研究所是上海市政府发展研究中心常务理事单位，承接了大量国家社会科学基金项目、国家自然科学基金项目、省部级规划课题及决策咨询研究项目，获得了包括孙冶方经济科学奖在内的一大批省部级以上奖励，并通过承接企业和各级政府管理部门的委托咨询研究项目，直接为现实经济服务。
城市经济规划研究中心是财经研究所下属的一个专业研究机构，依托区域经济学及城市经济与管理等学科。本中心拥有雄厚的研究力量，主要研究领域为城市化、城市群、城市功能规划、城市空间结构布局、城市产业结构、中小城镇经济规划等。
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