但是，非正式制度经济学的发展面临着许多严峻的挑战。第一，由于主流经济学大都在美国一些顶尖大学的经济学院，这直接导致非正式制度经济学的研究在美国进展缓慢。目前新古典经济学仍满足于对原有理论进行修修补补，教条主义盛行，哈佛大学经济学院学生的请愿活动失败就说明了情况的严重性，经济学改革的国际会议似乎无法触动主流经济学的根基。第二，非正式制度经济学的统一体系仍未完成。尽管非正式制度的思想起源很早，凡勃伦传统、诺斯的理论、马克思经济学等，都贯穿着非正式制度经济学的线索。但是，由于种种原因，非正式制度经济学的发展状况是令人沮丧的，离一门系统完整的科学理论的要求还相去甚远。
经济思想史的研究告诉我们，一种新型经济学的出现可以在主流经济学锁定非常严重的国家被发现，但其成长与壮大很可能要转移到其他国家，特别是如果某个国家的经济将来在世界上处于领先地位，那么，这个国家的经济学也会成为大家竞相模仿的对象。主流经济学产生在19世纪经济最发达的英国，而她的发展壮大发生在20世纪经济最先进的美国，所以，在这个意义上，非正式制度经济学将极有可能在中国获得更快的发展，并有可能在21世纪下半期领导经济学的主流。作出这种判断是有理由的，世界级的经济学大师大多产生于当时的世界经济中心，而中国的经济规模在21世纪30年代很可能超过美国，特别是中国快速而剧烈的制度变迁为中国经济学家提供了得天独厚的机会，这就决定了研究中国经济很有可能产生一批世界级的经济学家，但这需要打破新古典假定不变的所有前提条件，而且也需要一种新颖的分析方法，非正式制度经济学一直在尝试这个工作，追随西方主流经济学不可能产生世界级的经济学大师。在非正式制度经济学的基础之上，如果没有重大的理论创造，中国经济学将来也不可能成为人们竞相模仿的对象（贾根良，2005）。
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