实现区域协调发展是一个长期的、艰巨的系统工程，区域之间经济社会发展差距逐渐拉大，累积了社会风险及政治风险；区域产业分工趋向混乱，导致资源无序开发，产业重复建设，市场相互分割，全国统一市场迟迟无法形成。
1.区域经济发展差距过大
改革开放之前，由于实行均衡的区域发展政策，较多照顾“公平”，区域之间发展差距不大，但却损失了效率。改革开放初期，在“两个大局”思想的指导下，我国实行倾斜发展政策，东部地区经济获得迅速增长，国土经济空间迅速向东南倾斜，这种现象一直持续到目前，2007年，东部、中部、西部和东北地区GDP占全国的比重分别为55.3％、18.90A，、17.4％、8.5％。但差距扩大趋势似乎得到遏止，近几年，我国中部、西部和东北部分地区的增速均超过了东部地区，而且，增速最快的多是中西部地区的省份，这些地区的经济总量在全国的比重均有所提高。
在各省区市人均GDP基础上测算的地区发展差距基尼系数显示，改革开放初期至1990年，中国地区差距呈现缩小趋势；1990-1995年，地区差距呈现扩大趋势，1995。2004年，中国地区差距趋稳，升幅放缓。2004年地区差距基尼系数达到0.350，为30年来最高点，其后趋势发生变化。2004-2007年，按基尼系数计算的中国地区差距呈现缩小趋势，基尼系数下降了0.005（张军扩，2008）。由于我国幅员辽阔，人口众多，很难从国际经验上得出我国能够承受的基尼系数最高值，但与其他国家对比可以发现，我国目前地区差距问题已经非常严重。
另外，基尼系数趋向缩小是否意味着区域发展差距开始进入拐点区域，将进入区域协调发展态势？从差距缩小的原因和区域间关系透视，区域协调发展任务远没结束。目前，中西部地区迅速增长的主要原因在于，这些地区资源型产业尤其是矿产资源开采和加工业在市场刺激下爆炸式“增长”，连续5年位居全国增长首位的内蒙古，正是依托丰富的煤炭资源发展起来的，其他增长较快的还包括山西、新疆、宁夏等资源大省（区）。随着本轮经济调整，这种产业格局凸现出了重大问题。
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