《台湾研究新跨越·历史研究》是台湾历史问题研究论文集，内容涉及从古地理学和考古学论大陆与台湾的地缘关系；明郑台湾天兴万年二县(州)辖境的再探讨；季麒光与清初台湾的妈祖信仰；试论刘铭传的台湾建省方案；清代台海两岸航行时间；光复初期招商局在台湾的接收与经营；1949年招商局迁台述论等。

　　新生代是古地理史最后一个年代，当时出现的喜马拉雅构造对中国地质构造产生强大的影响。古地中海的最后消失，青藏高原的耸起，以及中国东部边缘海域的出现，奠定了中国现代的地势格局。
　　在中国西部地区，早期喜马拉雅运动使海域封闭，沿雅鲁藏布江地壳叠接带出现蛇绿岩带，并有混岩堆积。在台湾第三纪地层与时代较早的变质岩系共同组成中部山地，东西两侧形成了坳陷，西部出现了海陆交互含煤沉积，地层厚度大，火山岩不发育，属冒地槽沉积，中部山地以东的坳陷是典型的优地槽型沉积，沿大纵谷发育着蛇绿岩套蓝闪石片岩及混杂岩，时代为上新世。由此可见，在台湾喜马拉雅运动发生的时间与大陆西部地区大体一致，即上新世至更新世①。
　　到更新世晚期，大约距今25万年时，气候急剧变冷，整个东部海面大幅度下降，至距今18万年时，海面下降到最低位置（大约低于现代海面150米左右）。于是华南沿海形成宽达上千公里的辽阔滨海平原，很多河流一直延伸到滨海平原的外缘，并形成许多河谷。这种现象可在台湾海峡的海底地形中找到证明：台湾海峡海底河谷有向南及向北二大河系，一系向南流人中国南海海底，一系向北流入东海海底，分水岭为台湾海堆，是两广南岭山脉之东端部分。大体言之，浊水溪以北的台湾西部各河流属于台湾海峡的北河系，曾文溪以南的各河流属于台湾海峡的南河系。例如，高屏溪河谷由现在的人海口延长人海底，蜿蜒向南流动到南海，与海峡海底的南流谷系会合，这种海底河谷地形，绝不是海水潮流或混浊流冲刷的结果，而是在更新世海退时，台湾海峡成为陆地，由陆上河谷侵蚀形成的②，这就足以证明，台湾曾是大陆的一部分。

从古地理学和考古学论大陆与台湾的地缘关系
论张燮《东番考》的资料来源
明郑台湾天兴万年二县(州)辖境的再探讨
季麒光与清初台湾的妈祖信仰
分巡台湾道“兼督船政”考——兼答林文龙先生
论二刘之争对中法台湾之战的影响
试论刘铭传的台湾建省方案
台湾省会选址论——清代台湾交通与城镇体系之演变
清代台海两岸航行时间
清代台湾土地开垦、经济组织与社会经济形态——评曹树基《清代台湾拓垦过程中的股份制经营》一文
抗战时期福建台湾籍民在崇安的垦荒研究
台湾1937：皇民化运动与林献堂——以《灌园先生日记》资料为中心
1937—1945年台湾皇民化运动再论——以总督府临时情报部《部报》资料为中心
试论日据时期的台籍日本兵——皇民化运动负面影响之再探讨
口述史料所见之日据末期台湾皇民化运动——以宜兰地区为中心之个案分析
从昭和20年到民国34年——1945年的台湾历史变局
台湾光复前后福建对台湾的支援与帮助
光复初期招商局在台湾的接收与经营
“二二八事件”中的本省人与外省人
从电文往来看“二二八事件”中的陈仪和蒋介石
浅析陈仪对“二二八事件”的危机处理
若使甲兵真可洗，与君同上决天河——记“二·二八”前后的闽台建设协进会
1949年招商局迁台述论
连横的郑成功研究及其对台湾民族运动的影响
大陆台湾史研究的历史与现状分析——以《台湾研究集刊》历史类论文(1983—2007)为中心