人们普遍认为，欧盟独自将包括国际航班在内的航空排放问题纳入ETS体系，在政治上，更是在法律上存在难以克服的问题和障碍。从政治角度上看，问题一在于，欧盟来确定国际航班的减排措施是不恰当的，因为国际航空的排放引起气候变化问题本身是一个国际问题，应寻求全球解决方案解决。因而，只有国际民用航空组织在现行的国际民用航空立法框架之下寻求国际民用航空减排措施才是最为恰当的。问题二在于，欧盟这样做就意味着向其他地区强行推销其所青睐的办事方法和价值取向。每个国家都有权设定自己的减排方案和措施，欧盟不能也不可能去加以改变。
在法律上，第一，它与现行国际民用航空立法所提营运要求不符。《芝加哥公约》第12条规定，任何缔约国航空器应当遵守当地有关“飞行和运转”（flight andmaneuver）的规则和规章……在公海上空，有效的规则应为本公约制定之规则。欧盟航空减排指令显然与上述规定相违背，因为航空减排指令显然不仅适用于在欧盟运行的航空器，也适用于在欧盟以外的其他国家领土上空以及公海上空飞行的航空器。举例而言，从纽约飞往巴黎的航班，尽管绝大部分航程都是在欧盟以外的公海上空完成，但在2012年以后也要受航空减排指令的制约。这不就意味着欧盟享有了应当由《芝加哥公约》享有的公海上空的立法权了吗？另外，国际民用航空是一个特殊的产业，其排放属于全球性质，不以国界为限，其大部分燃料的耗用（亦即排放）都在公海或不同国家领土上空的大气层中，因此由一个国家（国家集团）对国际航空运输采取行动必然对国际航空的运行产生不利影响。
第二，将国际航空排放纳入EUETS就意味着进出欧盟的非欧盟国家的营运人要缴纳超出相关公约所要求的费用。的确不错，《芝加哥公约》第15条允许机场设施及服务提供者可自行评估收费标准收费以弥补其成本。但随后ICAO在解释第15条时指出，所收费用不得超过提供设施和服务所需的、经过证明的成本。而且，根据第15条精神，各缔约国不能仅基于营运人在其领土经停、出港或进港而强行收取额外费用。
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