（二）间隔区寡核苷酸分型（spacer oligonucleotide typing，Spoligotyping） Spoligo-typing方法以染色体直接重复序列位点（direct repeat locus，DR）多态性为基础。结核分枝杆菌的直接重复序列区包括10～50个直接重复序列，每个直接重复序列包含36个碱基对，直接重复序列被不同的大小在35～71bp范围内的间隔区寡核苷酸序列分隔。任意两个直接重复序列间的寡核苷酸序列具有很高的保守性。由于不同菌株间隔区寡核苷酸序列存在多态性，因此间隔区寡核苷酸序列可用于区分不同的结核分枝杆菌，此方法称为Spoligotyping。
Spoligotyping相对于IS6110 RFLP方法有2个优点：首先，由于Spoligotyping只需要少量DNA，因此可直接应用于临床标本；其次，Spoligotyping的结果被表示为每个间隔为阳性或阴性，可用一种数字形式表示，因此结果分析简单，而且数字化结果便于不同实验室间交换实验结果。但是，Spoligotyping分辨力较低，尤其不适用于存在优势菌株的区分，如在东南亚和我国普遍流行的具有相同遗传背景的北京基因型菌株，需要用其他方法进行分型。
（三）数目可变串联重复序列分型 数目可变串联重复序列（variable number of tandem repeats，VNTR）分型方法是新近发展的以PCR技术为基础的一种基因型分型方法。基因组中重复序列的数目在不同菌株间具有多态性，而重复序列的大小及两侧的序列高度保守。因此可以通过比较VNTR位点的重复序列的数目来区分不同的菌株。结核分枝杆菌散在分布的重复单位（mycobacterialinterspersed repeat units，MIRUs）是VNTR分型方法的一种，MIRU位点是在结核分枝杆菌基因组中散在分布的41个重复序列，重复单位的大小在46～100bp之间，其中12个MIRU位点在不同菌株间具有重复序列数目的多态性，因此可以作为VNTR位点进行基因型分型。
由于其具有较好的重复性，并且操作简便，快速出结果，花费低，同时，数字化的结果便于不同实验室间交换实验结果，因此VNTR基因型分型方法逐渐被推广应用。VNTR分型方法的分辨力取决于所采用位点的分辨力：包括越多高分辨力位点，该方法的分辨力越高。但是由于不同地区流行菌株遗传背景的差异，VNTR不同位点的分辨力在不同地区差异很大。因此，近几年很多研究都在鉴定适合于该地区的具有高分辨力的’VNTR位点。最近，Zhang等提出了适合我国地区的16个位点和7个位点分型方案，其分辨力与IS6110 RFLP相当。
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