《分子共和国》的出版是一次勇敢的尝试。徐光宪先生(他可是获得了国家最高科学技术奖的大师哟)挥笔写下了《分子共和国》的“开国大典”，而书中内容都来自他和师生们的创作。从“单质一族”的氢气、氧气，到“无机城市”的硫酸、硝酸、二氧化碳，再到“有机堡垒”、“铁匠铺”……师生们以丰富的想象力构建了一个生动而真实的“分子共和国”。他们所特有的学术敏锐，独特的观察视角，清新活泼的语言，加上良好的化学基础，构成了这组科普文章引人入胜的要素。
　　《分子共和国》所包含的内容不仅仅是科普文章，同时也汇集了北京大学化学与分子工程学院教育成果的结晶。素质教育，全面发展，让学生们学以致用，把化学带回生活，在生活中思考化学，相辅相成，相互促进，这是学院一贯的思路。

　　化学是分子共和国的缔造者，其中8300万民族足化学在最近100年中创造或识别的。它们为人类的生存和发展做出了巨大的贡献。
　　——徐光志中国科学院院士
　　化学真的很奇特，它不仅可以使物质千变万化，点石成金，变丑为美，还可以使学习化学的人成为科普作家！正如分子是构成整个化学王国的堆石，我们期盼《分子共和国》成为化学自我展现的一个新起点！
　　——周其凤中国科学院院士

　　“分子共和国中的事，几乎没有我不知道的。”四面体分子得意地说道。
　　“没用的，”硫酸分子转过身去，“就算你通晓天下，也不会知道我与水之问的事的，也不会解开我心中的矛盾。”
　　“居然又是水那小妮子，她仍然不知悔改吗？”四面体分子忽然大声地说道。
　　硫酸猛地转过身：“什么，你说什么？什么不知悔改？”
　　四面体分子哼了一声，说道：“当年她一族分子化作氢离子与氢氧根离子，同时以强酸、强碱大闹天下，才被下了氢氧离子积禁制，也算是罪有应得。可叹她还不知悔改，四处骗取氢离子与氢氧根离子，哈哈！真是生性风流啊！”
　　“你怎知她是骗取？”硫酸不服地争道，忽然又问：“什么是氢氧离子积禁制？”
　　“你不知道她本身可以释放出氢离子与氢氧根离子吗？禁制的内容就是她的氢离子与氢氧根离子的浓度乘积要比她本身的浓度小一百万亿倍。可惜当时禁制定制得不完善，让她发现了升高温度可以削弱禁制。还好，不久后禁制得到弥补，定下了常压下373K温度时水必须沸腾，而气态水分子是无法利用那两个离子的。哼！江山易改，本性难移。早就听说现在水在四处骗取氢离子与氢氧根离子，现在看果然是真的！”

开国大典
单质一族
微小与简单的魅力——氢气
没有我就没法活——氧气
保护人类的卫士——臭氧
别理我，烦着呢——氟气
化工岗位上的三八红旗手——氯气
棕色幽灵——溴
傲视群雄——碘
变化与选择——磷
科学界的足球梦想——C60
失窃的龙皇之冠——硫
最后的单身贵族——稀有气体
无机城市
氢和氟之间的热恋——氟化氢
No？Yes！——明星分子：一氧化氮
一场没有结论的审判——过氧化氢
曾经沧海难为“水”
不想走的二氧化碳分子
走出历史，生在天地间——雌黄
对称之美——三氟化硼
光棍的快乐——二氧化氮
问世间情为何物——硫酸
美女有毒——砒霜
阿摩尼亚传——氨
劳动面前人人平等——磷酸
飘然于世间的隐形杀手——氰化氢
腹中之气——硫化氢
我的自荐书——二氧化钛
缺电子的硼族成员——乙硼烷
疯狂的石头——碳酸钙
密室杀人案件——一氧化碳
正义还是邪恶？——硝酸
此间的分子
有机堡垒
酒分子国和醋分子国——乙醇和醋酸
江湖剑客——甲醛
我和我的家人们——异戊二烯和萜类
苏丹红专访
天生的贵族——季戌四醇
我在梦中被创造——苯
有机世界与无机世界的第一座桥梁——尿素
演绎生命的旋律——葡萄糖
要的就是刺激——咖啡因
健康守护神——维生素C
红与绿——血红素和叶绿素
金鸡纳霜——奎宁
有机族的第一代长老——甲烷
手性拆分领域的元老——酒石酸
光明的黑暗之子——乙醚
一首小诗——环己烷的自述
炸药之王——奥克托今
指示剂代表——酚酞
最无辜的隐士——三聚氰胺
铁匠铺
金属有机化合物形象代言人选举
二茂铁的竞选演说
格式试剂家族大选——C2H5MgBr
有机铝家族的荣耀——Al（C2H5）3
四乙基铅
地下城
序幕：来自地狱的分子们
神经性毒剂
　神经传导中的强盗——甲氟磷酸异丙酯（沙林）
糜烂性毒剂
杀人于无形之间的隐形杀手——二氯二乙硫醚（芥子气）
窒息性毒剂
我很毒，别惹我——碳酰氯（光气）
全身中毒性毒剂
阴冷的“细胞内室息”——氯化氰和他的氰类家族
失能性毒剂
血腥背后的帮凶——二苯基羟乙酸-3-奎宁环酯（毕兹）
尾声