1957年,他参加了高教部组织的全国通用政治经济学大纲的编写;1959年的“反右倾”运动中,年仅34岁的他被确定为经济系的批判对象,接受停职检查。痛苦之余,他认识到,、中国的社会经济问题不能按照苏联的理论生搬硬套,一定要结合中国的实际情况进行思考。于是他带着问题,从1960年开始,先后数次到农村人民公社调查,深切体会到了不实事求是的危害极其严重。1962年,中央政策调整,上级组织对谷书堂的错误处分进行了平反。后在时任高教部副部长的黄松龄同志的提议下,他与人民大学的徐禾、吴树青、李云、林兆木,复旦大学的蒋家俊,厦门大学的吴宣恭,杭州大学的陈宗谷,吉林大学的王书湘等一起参加并组成了在人民大学举办的“社会主义经济研究班”。他同大家进行理论探讨,重读《资本论》,与林兆木、吴宣恭合作在《光明日报》发表了两篇重提两重含义社会必要劳动时间的文章,引起了经济学界广泛讨论。
1975年他作为业务领导参加了天津市委组织的政治经济学教科书编写工作,1977年又临时被抽派到《红旗》杂志社,帮助薛暮桥同志整理批判“四人帮”关于资产阶级法权的文章。1979年,迎着改革开放的春风,他才开始担任南开大学经济研究所第一副所长兼党总支书记。这期间他根据社会变革的需求进行了经济学科的调整和急需专业的组建,奠定了经研所加强经济理论研究并适应改革开放、与国际接轨的发展方向,同时开辟了薄弱的数量经济的研究方向,并将工作重点之一放在已中断了三十年之久的研究生培养方面,先后恢复招收硕士生、博士生,1993年设立博士后流动站。谷书堂还出任南开大学经济学院建院后的首任院长,在学校的领导和支持下将经济学院扩展为6个系、5个研究所。十几年的风风雨雨,不公正的遭遇并没有改变谷书堂坦诚的性格,蹉跎岁月的磨砺反而让他更加坚韧,在“实事求是”的求知道路上,他给青年学者树立了一个光辉的榜样。
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