清顺治元年（1644）五月二日，那是李白成离开北京的第三天，多尔衮带领清兵耀武扬威地开进北京城。在此之前一直率领关宁铁骑在前边为清兵开道的吴三桂，却接到多尔衮的命令，让他绕过北京城继续向西追赶李白成。吴三桂提出进城祭奠一下崇祯皇帝与被李白成杀死的父亲，也没有得到多尔衮的批准。实际上，多尔衮所害怕的是吴三桂带着明太子进京，当时北京城内外盛传吴三桂将要拥戴太子回京登基，如果太子真的露面了，说不定会引出大乱子。
清兵进入北京后，城里的人就惶惶不可终日，不知从哪里传来的消息，说是清兵七八月间离开前，除了儿童，要把全城的人都杀光。
这个传言并非无稽之谈。多尔衮占领北京后，第一件事就是迁都北京。可是在迁都这个问题上，满族的王公贝勒们意见分歧很大，很多人留恋东北故土，反对迁都。多尔衮的哥哥阿济格就是一个坚定的反对派。他公开扬言说，我们刚得到辽东的时候没有屠城，可是汉人杀了那么多八旗兵，现在应该趁这个机会杀光北京人，痛痛快快地报仇，然后冉派亲王或者郡王在这里驻守，大军退回山海关或盛京（今沈阳），这样就没有后顾之忧了。
多尔衮坚决反对这样做，兄弟二人为此吵得很凶。多尔衮见难以说服阿济格他们，不得不搬出了皇太极，说皇太极生前留下话来，拿下北京后就要迁都，然后再图统天下。既然是先皇遗命，谁也不敢违抗，多尔衮当即拍板，决定迁都。
既然做出了决定，多尔衮立即付诸行动，以安定民心，平息谣言。他下令从盛京提取一百余万两白银及各种物资运到北京，大力修建残破的皇宫和城墙，还让辽沈地区的人民加快迁往北京。人们看出清人打算长住，京城的局势也就渐渐稳定下来。
同年八月二十日，年仅六岁的顺治帝在郑亲王济尔哈朗的护卫下从盛京启程。十月初一清晨，顺治帝在文武百官的簇拥下，来到天坛宣读告天礼文，举行隆重的庆祝开国大典，正式宣告清王朝对中国的统治开始了。
两路夹攻
清朝入关初年，多尔衮位高权重，成了清王朝实际上的最高统治者，诸王大臣给朝廷的奏本，都要先交给他过目。顺治帝进北京不久，便封他为叔父摄政王，还把他兴邦建国的功绩刻在石碑上，传之后世，后来又封他为皇父摄政王。他的权势至此达到极点，诸王不得与他平起平坐，他入朝时，还出现诸臣跪迎的场面。
在这种情况下，多尔衮废掉小皇帝自立可以说是易如反掌，可是当时情势不容他有非分之想。清朝全国的兵力不过五六万人，而它的西面有虽然溃败但实力仍在的四十多万大顺军，南面有五十多万南明军队，吴三桂的力量虽然可以借用，但他这个人靠不住。对于执掌大权的多尔衮来说，当务之急是如何荡平海内，横扫天下。
顺治元年十月十九日，多尔衮封阿济格为靖远大将军率部征讨大顺军，吴三桂、尚可喜率部从征。十月二十五日，多尔衮又封多铎为定国大将军，挥师南下，孔有德、耿仲明随征。
多铎的队伍还没有出发，李白成就在河南境内向怀庆、卫辉两城发动进攻。如果让李白成占领了黄河渡口，和黄河以南的农民军合兵一处，就难以制服了。多尔衮果断地命令多铎停止南下，与阿济格两军夹击，将农民军彻底打垮。
其实，李白成组织的这次反攻不过是个尝试，当清军南北两路一起杀来时，李白成及时改变部署，率部向西安方向退却。多铎率部紧紧追赶，一直来到潼关。大顺军列阵迎战，多铎没有马上出战。十几天后，清军主力带着红衣大炮赶到了，多铎这才下令进攻。顺治二年（1645）正月十三日，清军以红衣大炮轰破潼关，农民军将领马世耀投降。
潼关一失守，西安就失去了屏障。李白成料定西安守不住了，便放火焚烧宫室，向商州撤退。
按照事先的约定，多铎和阿济格两军分路攻打陕西，在西安会师。阿济格是先出发的，应该先到，可是多铎打进西安后，却连阿济格及其部下的影子也没看到。原来，阿济格在进军途中，擅自跑到蒙古草原卜，随意索取当地驼马，把时间都浪费在路上了。
兵败身亡
攻下西安后，多尔衮命令多铎按原定计划向江南进军，剿灭大顺军残部的任务交给了阿济格来完成。阿济格先前犯了军律，这次不敢怠慢，连忙带上吴三桂等人紧紧追赶李白成。
顺治二年三月，李白成拔营南下，奔向湖北，进驻武昌。清兵尾追而至，把武昌城包围了起来。这时候大顺军还有几十万人，但从上到下都无心作战，逃亡的人数每日剧增，还有不少人干脆投降了清军。
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