公元1398年，朱元璋死去，朱允坟即位，因为他的年号是建文，所以习惯上称他为建文帝。建文帝朱允坟是明太祖朱元璋的孙子，他是明朝的第二个皇帝。
朱元璋即位之初，就确立了皇位嫡长子继承制，立了马皇后所生的长子朱标即建文帝的父亲为太子，并花了大量心血去培养这位未来的储君，这位太子在史书中被描述为仁孝、温和而有儒士风度。可惜的是，这位饱学的太子在他37岁的壮年就突然去世了，这让朱元璋非常伤心，之后他又立了朱标的长子朱允炆为皇太孙，准备让他将来继承大统。
朱允坟本性慈善，崇尚文治，向往儒家的仁政。明太祖朱元璋以武力夺得天下，自然而然地形成了用武的局面。洪武时，大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是从一品，而六部尚书却只有正二品。《大明律》中还明文规定，文官不许封公侯，因此朱元璋的主要谋士刘基仅仅得封“诚意伯”。而武将得封公侯者甚多，称王者也不少。在这种局面下，文官在朝政中的地位也就可想而知了。建文帝即位后，一改尚武的风气，大力加强文官在国家政事中的作用，将六部尚书升为正一品。同时，大开科举考试，并屡次下诏要求荐举优通文学之士，授以官职。建文帝身边几个被委以重任的大臣都是饱读诗书的才子，如齐泰、黄子澄、方孝孺。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为“秀才朝廷”。
太祖朱元璋以刚猛治国，乱世用重典，法外用刑情况严重。建文帝对于祖父重典治国所造成的恐怖气氛，深有体会，登基后就着手全面改革洪武吏治，力图创造出祥和的氛围。即位仅一个多月，他就下诏宽刑省狱，纠正了一大批洪武时期的冤假错案，受到牵连的无辜官吏得以恢复职位，被流放异乡的人也得以返乡。据记载，建文朝监狱里关押的犯人比洪武朝减少了近三分之二。
年轻的建文帝书生气十足又温文尔雅，但是他的性格腼腆，也不像他的父亲那样是从小在战火中锻炼出来的，所以缺乏做皇帝必备的勇敢和决断力，他又是匆忙之间被立为储君，并没有多少实际治国经验。不用说和朱元璋相比了，就是比起他那些雄才大略的叔父们来，他也没有那种坚定的自信和强大的控御能力。不过因为他从小受到完整的儒家教育，自身也具备着温和的性格，所以使得他能真正关心祖父实行的高压政策对百姓生活的影响，他衷心向往的是实行理想的仁政。在仅有的几种留下了他治国痕迹的史料中，都同样记载了他作为一个守成之君，努力改变和缓和祖父所施行的严刑暴政所采取的措施。
在所有的事情中，处置最不得当的就是削藩的问题。本来朱元璋派自己的儿子到各地为王，是为了让他们做皇室的屏障，抵御外部侵略或是镇压内部叛乱。但是因为这些藩王被赋予了极大的权力，手中握有重兵，很快就成了新皇帝的心腹之患。建文帝还没有即位的时候，就已经开始为这种严重的状况担忧了。那时候黄子澄就用西汉景帝平定“七国之乱”的事安慰他，说他才是皇朝正统继承人，根本不必害怕。等到他登上皇位时，朱元璋的二子秦王、三子晋王已经相继死去，四子燕王朱棣就成了皇室中最年长的人了。而且他的封地在北边，扼守防御蒙古的第一线，位尊权重，实权最大，所以他也就成为新皇帝潜在敌人中最具危险性的一个。
建文帝和他的三个亲信大臣商量后，得出的一致意见就是要迅速削藩。这个决定本来并没有错，错的是他们选择的削藩方式。就在建文帝登基的这一年，刚刚处理完朱元璋的丧事，他就派出一支军队去奇袭周王朱楠的封地开封，并把周王逮捕，废为平民后发往云南。这种像对付叛逆一样的严厉手段使所有的藩王都大吃一惊，心里全都非常惊恐。随后，建文帝又找各种理由处置了岷王、湘王、代王，撤消了他们的封国，有的被软禁，有的被废为庶人。这种急风暴雨式的处置方式使封地在北京的燕王也感到胆战心惊，深知自己也离那一天不远了。
燕王朱棣本来就怀有异心，又听从了僧人谋士道衍和尚的劝告，终于下决心铤而走险。可是他又需要时间进行准备，不可能立即起兵。令人疑惑的是建文帝对燕王的处置上表现出了意料之外的优柔寡断。他派人去监察燕王的行动。燕王就装作精神失常，装疯卖傻、胡言乱语。建文帝得到这样的回报，心里更加犹豫。在此之前他用严厉的手段处置那些藩王，是因为那些藩王确实有一些或大或小的过错，使他师出有名。可是燕王却没有被他抓住什么把柄，反而因为镇守边疆为国家立有大功。这时又见燕王生病，心里更加不忍，对燕王的处置也一直迟迟没有决定。就在他还犹豫不决的时候，燕王却已经开始在自己王府的高墙深院中训练士兵，制造武器了。后来，在燕王几次请求之下，建文帝居然放回了燕王留在南京做人质的几个儿子。燕王这时再也没有后顾之忧了，甚至还高兴地振臂高呼：“天助我也！”建文帝的这种妇人之仁被后代的史家们评为最愚蠢的举动。
燕王在做好一切战斗准备之后，于建文元年（1399年）七月公开发动叛变，率军南下，打着“奉天靖难”的旗号，以“清君侧”为名开始了他的篡位行动。建文帝到这时才如梦初醒，可是一切都已经来不及了。
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