从儒家文化，尤其是程朱理学的角度反对西学，是该书的重要内容之一。
其一，基于理学立场，反对耶稣会士的“合儒”、“补儒”之论，认为“合儒”、“补儒”是对儒家学说的歪曲、篡改。
自利玛窦以来，来华耶稣会士采取“适应”策略，附会、应和儒家学说，将儒家分为“先儒”与“后儒”，极力论证早期儒家学说与天主教义的一致性，而排斥程朱理学。这一策略遭到一些中国士大夫的强烈反对。明朝末年，黄贞等在《破邪集》中就曾揭露过天主教从媚儒、窃儒到灭儒的本质目的。杨光先继承黄贞等人的思路，基于儒学正统立场，对天主教士及其“合儒”策略予以猛烈抨击。他坦然声称，他之所以排斥西教，乃“为天下古今万国君臣士庶之祖祢卫，为古先圣人之圣经贤传卫，为天下生灵将来之祸乱卫，非得已也”。
监察御史许之渐在京期间曾与传教士交游，并为天主教徒李祖白《天学传概》一书作序。为此，杨光先专门撰写《与许青屿侍御书》一文，批评许之渐为李祖白作序，并驳斥奉教人士的“合儒”学说。
李祖白承袭耶稣会士“合儒”的学说，以中国人种源自德亚（诺亚）后人，以伏羲为德亚之子孙，以上古儒家典籍所载“天”、“上帝”为天主教之印迹。杨光先一一反诘后指出，“合儒”之论从根本上抹杀了中国圣圣相传的历史，违背了儒家学说的道德原则，用心险恶：
祖白之为书也，尽我大清而如德亚之矣，尽我大清及古先圣帝、圣师、圣臣而邪教苗裔之矣，尽我历代先圣之圣经贤传而邪教绪余之矣，岂止于妄而已哉！实欲挟大清之人，尽叛大清而从邪教，是率天下无君无父也。
针对耶稣会士附会早期儒学经典，以“六经”中之“天”、“上帝”为“天主”（即拉丁文Deus，音译为“陡斯”，“天主”为当时专门创造的词语），他反驳说：儒家经籍称天为“上帝”源于尊天之意，非谓天之上有一“天主”、“上帝”也。
凡此皆称上帝，以尊天也，非天自天而上帝自上帝也。读书者毋以辞害
意焉。今谓天为上帝之役使，不识古先圣人何以称人君为天子，而以役使之、贱比之为君之父哉？以父人君之天，为役使之贱，无怪乎令皈其教者，必毁天地君亲师之牌位而不供奉也。不尊天地，以其无头腹手足，踏践污秽而贱之也；不尊君，以其为役使者之子而轻之也；不尊亲，以耶稣之无父也。天地君亲尚如此，又何有于师哉！此宣圣父木主之所以遭其毁也。
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