在高校层面，要通过转变观念、改进预算资金分配方式、加强成本中心管理等手段来建立成本结构优化的实施机制，同时增强高校自身自筹经费的能力，建立成本结构优化的自主发展机制。首先，高校要树立成本效益观念和成本结构优化意识，改变“年初报预算，年终报决算，支出靠拨款，不足伸手要，教育成本不计算，经济效益无人管”的工作惯性；其次，高校应依据前述成本中心划分的原则，对现有成本中心的划分重新梳理，尽量使成本中心的划分满足管理和成本信息提供的需要。在合理划分成本中心的基础上，高校应深化责任分解，贯彻现代成本管理的科学理念，完善与落实高校各成本中心的经济责任制，通过健全高校定额成本管理体系和进行成本功效分析，建立成本中心绩效评价制度，不断加强成本中心的管理；第三，高校在进行预算资金校内分配时，应立足于自身的发展战略，围绕成本结构优化方向，实行预算资金切块分配机制，并建立和完善基于绩效评价的责任预算管理体系，对各成本中心实行目标责任管理，根据目标的达成程度进行奖惩，而各成本中心则应充分认识成本结构优化工作的重要意义，转变工作作风，充分发挥主观能动性，在授权经济责任范围内，按照学校的管理要求不断提高自身的成本效益。在加强内部管理的同时，高校还应从发展的角度来进行成本结构优化。在现有财政承受能力和拨款机制下，财政拨款主要用于保障学校的基本运转，从中进行成本结构调整的空间不大。因此，学校应增强自筹经费的能力，不断增加自筹经费在总收人中的比重，依靠自身的发展来优化学校的成本结构。
最后需要说明的是，高校成本结构的优化还需要一系列配套制度加以配合。该配套制度主要包括会计核算制度、资产管理制度和内部控制制度等。其中，高校现有的以收付实现制为主要核算基础的会计核算制度需要逐步过渡为权责发生制会计，固定资产折旧、应计和递延费用应纳入高校会计核算内容。同时，在按照收支经济分类改革的要求规范会计科目的同时，允许高校增设相应的成本核算科目，并加强项目核算管理，以满足成本结构信息归集和优化的信息需求。目前，财政部正在着手修订高校会计制度，加强成本核算是修订的主要内容之一，相信新的高校会计制度的实施会为高校成本结构的信息归集和优化提供坚实的制度和信息基础。
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