运河中学的前身是1984年成立的通县新城东里中学，1991年迁址更名为运河中学。25年来，运河中学大致经历了学校的初创时期、发展的起步阶段和十余年来稳定和谐跨越式发展的三个阶段。2003年年轻的运河中学已跻身于北京市示范高中行列。探索和谐发展教育的办学思想就是要进一步明确学生和谐发展的目标，促进学生的健康成长；就是要在新课程背景下建设具有本校特色的校本课程体系；就是要进一步促进教师专业发展，建设和谐的干群关系和师生关系；就是要主动为经济与社会发展服务，建设和谐的学校与社会、与学生家庭的关系，办好人民满意的学校。
伴随着和谐发展教育办学思想的逐步成熟，北京运河中学坚持走内涵发展、特色强校的道路，认真落实学校建设示范高中的各项措施，实现了学校2004-2008年五年规划的各项目标。营造了和谐发展的教育环境，构建了和谐发展的管理模式，打造了和谐发展的教师队伍，培养了和谐发展的大批学生。学校教育质量稳步提升，和谐发展已经成为运河中学的办学特色。
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