当前我国农村政策性金融的运行存在一些突出的问题，主要表现为：
第一，是资金运用效率不高，风险补偿机制不畅，资产质量低下，难以实现良性发展。一方面，资金来源过于狭窄。我国农业发展银行资金主要来源于中央银行再贷款，2002年，在农业发展银行全部资金来源中，中央银行再贷款占到了87％，存款占4.1％，财政支农专项贷款占5.5％，资本金占2.5％。从未来趋势看，由于财政支农力度有限，面向市场发行金融债券的方式将是中国农业发展银行募集资金的主要方式，但是由于这部分资金需要付息，考虑到资金成本，国家开发银行、农业发展银行、中国进出口银行大都发行5年以下的短期金融债券。另一方面，资金运用由于受政府约束而僵化，不能灵活运用，很难实现资金平衡。多年来，农业发展银行实际上仅是单纯的粮棉收购贷款银行，这些项目投资周期长、数额巨大、资金回笼慢，而且国有粮食企业与农业发展银行的所有者都是国家，造成监管不到位，国有粮食企业获得贷款后还贷的激励和压力不够，使农业发展银行产生了较多的不良贷款，而对于一些经济效益和社会效益都好的项目农业发展银行却不能进入，这样势必会造成盈利能力低下，可持续发展难以实现。从全国农发行系统来看，2004年盈利为7292万元，净资产收益率仅为0.37％，其利润主要来自利息收入。这个指标大大低于国外政策性金融机构的水平。如日本政策投资银行在1998年的总资产收益率为9.24％，韩国产业银行的净利润为1.84亿美元。
这一问题产生的根源在于农业发展银行提供的是一种准公共产品，其产权属于政府，名义上是清楚的，但实际上是含糊的。
首先，由于其产权得不到有效界定，就会导致“搭便车”问题。对于国有粮食企业来说，政策性金融就成了免费的午餐，不拿白不拿，用了也白用。大量的贷款对这些企业只形成软约束，不仅造成了大量呆账、坏账；而且这些企业理所当然地靠这些贷款生存，因为不存在成本约束，对资金的过度使用，造成了资源浪费和配置的低下。据何广文（2005）调查，2001年底，中国农业发展银行贷款余额为7432.38亿元，而粮食流通企业的不合理占用资金余额在4000亿元左右。
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