问题之一是现行制度安排使得现实中的代理制并不是完整意义上的代理制，因为代理者与被代理者并不是独立承担风险的市场主体。在改革的很长一段时间里，我们仍实行了外贸经营权的审批制，因为生产企业无法直接与国外进口企业签订进出口合同，外贸公司在形式上是代理行为，不买断出口产品，但实际上是合同权利与义务的直接承担者，也是市场风险的直接承担者，从而造成生产企业与外贸公司面临市场风险的不对称局面。与此同时，许多获得外贸经营权的企业是国有外贸企业，产权主体仍是国家，市场的高风险并不由企业独立承担。这一问题随着国有企业改革和《对外贸易法》的颁布而有所改观。尤其是新法规全面取消了审批权，改审批制为登记制。登记制使得中小民营企业和个人也将有权取得对外贸易经营主体的合法资格，国有外贸主体的垄断局面被打破了，原来的外贸公司作为代理商，其主要角色是提供一种服务型的代理，通过自身的网络优势为被代理人提供服务。
问题之二是代理双方的信息不对称及过高的监管成本影响了代理制效益的发挥。在市场环境不成熟、监督机制不健全的情况下，代理方的侵权行为和投机行为很可能得不到应有的处罚，其违约收益甚至可能大于履约收益，导致商业信用的缺失，由此出现了由代理制引发的商业道德问题和市场秩序混乱现象。
问题之三是代理制的实行需要一定的技术、制度条件作为支持，但目前这些支撑条件还没有建立起来。内贸领域国内统一市场的建立、外贸领域汇率制度的改革将影响到代理制的施行。此外，有效的激励机制、合理的结算制度和物流、信息流的支持作用，也是商业代理制长期稳定存在和发展的重要因素，但目前这些制度规范和技术手段还在建立和完善过程中，仍在一定程度上妨碍着代理制安排效果的发挥。为防止代理问题的发生，必须制定防范代理人道德风险问题的对策。三、总结与进一步发展的思考
随着商业代理制先后在我国外贸、内贸领域的推行，理论界对代理制这种商业制度的认识也在逐渐深化。应该说，代理制在促进生产企业关注市场需求、了解顾客需要、承担竞争风险等方面，其积极意义还是应该给予充分肯定的，其有效性在实践中也逐步得到了发挥。但代理制在推行过程中也的确出现了一些问题，这些问题的出现与经济发展过程中的市场环境和改革进程中的相关制度设计有一定的关系，随着整体环境的改善和体制机制的完善，这些问题也将不断得到缓解和解决。
在承认代理制积极意义的同时，不少学者也认为，代理制的适用领域应该是有选择的，不应无限夸大其作用的范围。商业活动的本质是“为卖而买”，既然肯定中间商的地位，商业资本职能作用的发挥就应受到重视。商品流通可以通过代销和经销两种形式来完成，两种形式各有优点，不能相互取代。
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