在海峡两岸经济合作中，产业合作是基础。其中制造业首当其冲，农业和服务业紧随其后。本次论坛对海峡两岸产业合作的机制、模式、空间变化，以及服务业、金融业与农业合作进行了深入的探讨。台湾政治大学经济系庄奕琦教授指出，两岸产业合作的初期是基于比较优势（大陆的资源、人力与市场优势与台湾的技术和资本优势）的垂直分工，随着市场竞争的加剧，向按产业链上下游分工为基础的水平分工方向发展，并形成了明显的产业集群效应。中国社会科学院学部委员杨圣明研究员提出，为了与台湾新一轮产业转移相适应。应将大力开拓服务产品市场、发展服务贸易作为今后两岸产业合作的主要方向之一。部分学者还提出了两岸互设金融机构和建立金融监管的途径与对策。自2006年10月在海南博鳌举办的“两岸农业合作论坛”以来，两岸农业交流合作取得了长足进展。与会学者论述了两岸农业合作的潜力，并指出加强两岸农业产业对接能力和合作平台建设，是扩大农业合作规模、提升合作层次的关键。
海峡两岸经济合作对海西经济区的建设与闽台次区域合作的发展也是本次论坛的又一个“热点”。台湾大学许振明教授提出，为促进台湾与海西经济区的经济交流合作，应尽快实现“三通”，推进产业结构优势互补，搞好经贸交流平台建设。香港中文大学杨汝万教授论述了为应对经济全球化与区域经济一体化，两岸建立次区域自由贸易区的必要性与可行}生，并具体提出以福州一台北一桃园和厦门一金门一高雄两个次区域自由贸易区作为试点，尔后推广。部分学者在论述海西经济区比较优势和发展战略的基础上，建议国家将海西经济区列为新时期改革开放的综合示范区和两岸发展重点融合区，并按核心区（福州、厦门）、重点区（福厦城市群）和辐射区（海西经济区）三个梯度推进。
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