孙中山推行个人集权的专制作风与革命党人一向追求的自由民主南辕北辙，导致大批同志分道扬镳。但是，孙中山并未接受教训，在护法运动期间，仍然不改集权心态和作风，动辄运用个人权威压制党内不同意见。
第一次护法运动时，孙中山等在广州建立了与北洋政权相对峙的中华民国军政府。军政府是专制体制，它实行以大元帅掌管内政、外交的元首制。大元帅府是军政府的首脑机关，下设参谋、秘书、参军三处，设卫戍总司令一人、亲军总司令一人，负责保卫军政府；设顾问若干人，以备大元帅咨询。外交、内务、财政、陆军、海军及交通等六部是军政府的行政机关，在大元帅的直接领导下分别管理各自的事务。这样，从制度上保障了孙中山的集权。孙氏依旧作风专断，与盟友桂系间发生意见分歧及权力斗争时，采取武力解决，曾两次不顾革命党内部的反对意见，下令炮轰位于广州观音山（越秀山）的督军府。
1920年11月，孙中山重返广州恢复军政府，开始了第二次护法运动。次年4月7日，国会非常会议通过新的《中华民国政府组织法》，并选举孙中山为非常大总统。有论者认为非常大总统的选举不具有合法性。其实，当时陈炯明就对选举的合法性提出质疑，指称“选举总统应以约法上的‘总统选举法’为依据。‘总统选举法’规定，两院议员须有三分之二以上出席，约五百八十人左右，才能进行总统的选举，而现在到广东的国会议员仅有二百二十余人，如果进行总统的选举，就是违法，护法者不能自身陷于违法的地步”。虽然陈炯明或许有自身利益的考虑，但从法理层面而言不无道理。
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