（5）统一监督管理全国自然环境保护工作，统筹全国自然保护区的划分、规划工作，组织编写自然保护区建设规范及指南，向国务院提出有关自然保护区的方针、政策、法规制度、标准和名录以及新建国家级自然保护区审批建议，管理乡镇企业污染防治工作，指导农村生态环境保护工作；
（6）制定排污申报登记、排污许可证发放和排污费征收方面的规章制度，会同有关部门制定排污费征收标准，审批有关建设项目和限额以上技术改造项目的环境影响报告书；
（7）审批有害废弃物的越境、转移，组织有毒化学品进、出口环境管理登记工作；
（8）指导城市环境综合整治工作，组织环境保护重点城市的环境综合整治定量考核并公布考核结果，规划指导环境污染防治和环境综合整治示范工程；
（9）协同卫生主管部门组织公害病调查并提出防治对策，受国务院委托协调处理省际环境污染纠纷，组织重大环境污染事故的调查；
（10）制定并组织实施国家环境保护技术政策和科技发展规划，组织环境科技攻关以及环境科技成果的鉴定、奖励、交流和推广工作，负责环境保护技术引进工作，管理全国环境科技情报系统，组织全国环境保护装备的质量监督、认证与评比工作；
（11）负责全国环境监测工作，制定环境监测规范，领导国家级监测网，会同有关部门组织监测网络；
（12）组织开展和推动各种形式的环境保护宣传和教育活动，制定全国环境保护宣传提纲，协同国家教育主管部门在高等院校有计划地开设有关环境保护专业或课程，普及环境保护知识，组织环境保护先进集体和个人的评选和表彰工作，组织全国环境保护系统在职人员岗位培训和继续教育；
（13）指导全国环境保护队伍建设，指导全国环境保护部门人员的考核、培训工作，拟定全国环境保护专业技术人员管理政策、环境保护系统工人技术等级标准以及建立健全环境保护专业技术聘任制度，指导全国环境保护系统劳动工资工作。
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