公共选择理论对经济学和政治学的发展有着巨大的贡献，但其也存在着不足之处。学者杨开晖（1994）认为，首先，公共选择理论过分强调了市场的作用，放大了市场机制的优越性；其次，公共选择理论主张将政府决策与公共服务彻底地市场化，这就会导致追逐私利的公开化并逐步将其合理化；最后，公共部门与私人部门之间是存在差别的，片面、简单地将私人部门的方法、规则和机制等运用于公共部门是不可能成功的。总之，公共选择理论的一些结论还有待于实践的检验，但不能否认的是，这是一门富有启发性与创造性的理论，它的应用范围已经超过了传统经济学和政治学的范围，具有广阔的应用前景。
公共选择理论对我国市场化过程中政府职能的调整有着现实的指导和借鉴意义：
（1）要承认“经济人”倾向，并对其加以合理利用与引导。公共选择理论认为，政治决策过程中的个人同样是理性经济人，都是以追求自身的效用最大化为目标的，他对于可以满足自身需求的集体活动与公共物品等“好的东西”总是力求其多，而对于损害自身利益的“坏的东西”也总是力求其少的。在我国经济转轨时期，要正视市场经济条件下各种理性经济人行为特征的表现形式，在制定改革措施时，应对每一项措施可能给各种理性经济人造成的利益和损失进行客观、准确的评估，要在承认并保证其合理的自利动机的基础上制订和实施方案，从而最大限度地限制理性经济人行为的消极效应，利用理性经济人行为的积极效应。
（2）要确定政府行为的合理界限。廖荣碧（2009）认为，应该重视政府部门及其官员对其自身利益的追求，同时要加以引导和规范，是要在调动官员积极性的同时增加这种机会成本，防止腐化行为的产生。另外，可以通过经济学的方法对政府行为，尤其是公共开支项目进行损益分析，进而评价其净收益和政府的工作绩效。最后，将经济学中的边际分析方法引入制度设计中，以政府机构中行使权力的个人为着眼点，明确划分他们的权、责、利，使得激励机制可以与监督机制有机地融合在一起。
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