在东南亚，捕鱼是另外一个与海洋资源密切联系的区域安全问题。20世纪90年代以来，在东南亚水域与捕鱼有关的冲突时有发生。泰国在东南亚拥有最大的捕鱼舰船，加上它对其他国家专属经济区（exclusive economic zone）的侵犯，这都成为与其邻国越南、马来西亚、缅甸等国摩擦的一个源头。1995年5月，泰国海军为保护泰国渔船免于被越南海军抓获，双方发生了交火，两名越南船员死亡，6艘渔船中的5艘被扣押。1998年末和1999年初，缅甸与泰国在安达曼海域发生了两次冲突，泰国海军介入，双方船员各有死伤。1999年4月和5月，因为在马来西亚领海海内非法捕鱼，泰国6艘渔船被扣押、80名渔民被捕。泰国是最危险的挑衅，但并不是唯一的事端制造者。越南军舰也曾向马来西亚渔船开火。三、传统安全议题再现：从政治安全到军事安全
在全球化背景下，上述经济、社会、环境等安全议题在东南亚区域日益彰显起来，并不意味着冷战时期军事、政治安全议题不再重要。恰恰相反，这些传统的军事、政治安全议题随着那些新的安全议题的不断发展而变得更加复杂。最大的不同只是，大国之间的冷战和区域的局部战争以及共产主义等意识形态不再是对东南亚区域军事、政治安全的内部和外部的最大威胁。冷战结束后，区域化和全球化的发展使东南亚区域的军事、政治安全的主要威胁逐渐移向外部，而内部的冲突变成不直接包含超级大国竞争的“低烈度化”（10W intensity）了。就对东南亚国家政治安全的非军事威胁而言，除了严重的金融危机、环境恶化和资源争夺外，比较严重的就是来自外部的西方价值观和来自内部的恐怖主义、分离主义运动和宗教冲突等威胁。
对东南亚国家政治安全的外部威胁主要表现为，西方人权观对东南亚权威主义者挑战和民族自决原则对国内分离主义者的刺激等。在这里，一些西方国家政府和该区域内部的一些人权组织相结合，将人权、民主与安全紧紧联系起来，试图以此推动东南亚政治西方民主化。东盟与来自欧盟等西方国家在缅甸加入东盟问题上的激烈交锋就是这一问题的集中体现。1988年9月，经过一场全国支持的民主示威高潮后，缅甸政府再次被军队集团所掌握。该集团成立了“国家法律与秩序恢复委员会”来管理动乱的国家。这导致西方国家中止了对缅甸的援助。西方国家谴责缅甸“国家法律与秩序恢复委员会”侵犯人权、破坏民主进程。1991年9月，在卢森堡召开的一次东盟与欧盟外长会议上，当欧盟坚持把关注人权与环境作为任何东盟与欧盟之间经济合作协议的组成部分时，东盟给予坚决反对。不久以后，欧盟委员会副主席警告说，不能尊重主权对欧盟与发展中国家（包括东盟）之间的关系将有“严重影响”。美国政府则明令禁止美国人在缅甸进行投资。其理由是缅甸“大规模镇压民主反对派”。美国国务院发言人指出，“我们试图运用我们的影响给缅甸一个强烈的信息，使之明白：它并不受欢迎”。日本认为，不应该为经济增长而牺牲人权，强调外国援助应该与现政府的人权状况联系起来。1991年11月在东帝汶首府帝力发生印尼安全部队枪击支持独立的示威者事件时，荷兰、加拿大终止了对印尼的援助。马来西亚、泰国、菲律宾等国也受到西方国家关于人权的指责。西方的观点与东盟国家的观点产生了很大的分歧。东盟一直反对以一国的人权记录和缺乏真实的民主作为外交接触的基础。它认为，将人权与民主挂钩是对一个国家内政的外来干涉。新加坡总理吴作栋指出：“就每个国家的内政而言，东盟不能对其进行审查，也不会把那些与我们体制不同的国家排除在东盟之外。”1997年5月，东盟不顾欧盟与美国等西方国家的强大压力，决定接受缅甸加入。可以说，西方国家的反对削弱了东盟对缅甸加入的反对，使其决心采取“一种与西方对立的立场”。
发生在美国的“9·11”恐怖事件深深影响着东盟国家。尽管这次暴行的发生源头距该区域很远，但它已经表明基地组织与东南亚本地的恐怖主义集团存在着明显联系，以致东南亚已被广泛认为是反恐战争的“第二前线”（the second front）和“薄弱地点”（weak spot）以及“潜在基地组织中心”。这种情况于2002年10月12日发生在印尼巴厘岛的恐怖主义袭击后变得更加明显。这次爆炸案共造成180多人死亡，是“9·11”之后最严重的恐怖主义袭击。更严重的是，该事件已经清楚表明，恐怖主义集团已经成为东南亚区域安全的严重威胁。阿查亚指出：“恐怖主义作为新的安全威胁的出现，已经削弱了东南亚稳定的可信度。”他认为，发生在巴厘的恐怖主义袭击“在某些方面比一场常规的军事打击更具破坏性”。
目前，在东南亚，有超过41个团体组织被美国国土安全部列为恐怖组织。最有影响的是伊斯兰祈祷团（Iemaah Islamiah，JI），又称伊斯兰团。该集团1990年建立，目前已发展为一个拥有严格管理结构的恐怖组织，已被美国和欧盟国家列为与“基地”组织有牵连的恐怖组织。它将其管理范围分为四个省：第一省管理范围包括新加坡、马来西亚和泰国南部；第二省在印尼；第三省范围包括沙巴、苏拉威西和棉兰老岛；第四省在澳大利亚和巴布亚。每个省下面设宣讲部、经济部、行动部、安全部和流通部。行动部下面又分为若干个细胞组织，每个细胞组织有4－5人组成。
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