军管法解除后，菲政治犯救援小组继续为政治犯及其家属提供法律和其他方面的援助。在军管法时期，许多人因为政治信念而被强迫失踪、被刑讯逼供或拘禁。直到现在，他们中的很多人还无法获得司法救济。例如，关于当时被强迫失踪的案件，到现在也没人知道在那些失踪者身上发生过什么。那些刑讯逼供的受害者，至今也没有得到赔偿。军管法时期多年的残酷统治导致很多当事人在很多案件中遭到不公正待遇。政治犯救援小组还在为这种“转型正义”的工作而努力，持续帮助政治犯受害者及其家属，持续帮助被法外处决者和被强迫失踪者。
另一方面，菲政治犯救援小组开始帮助其他人权侵权行为的受害者，如大屠杀、爆炸以及由战争或国内冲突导致的撤离与安置问题。随着菲律宾工业化的进程，他们开始重视与经济权利相关的问题，并将工作重点放在住房权、随着工业化加速造成的城市贫民权利、（特别是农民的）土地权以及土著人的权利等问题上。
菲政治犯救援小组还有一个强项是对人权侵犯事件的记录和整理。从军管法时期至今，菲政治犯救援小组一直被认为是菲律宾最可靠的人权信息来源之一。在其位于马尼拉的总部附设的图书馆里，保存有自军管法时期以来的很多案件和受害人的资料。美国国务院在菲律宾人权状况报告中多次引用了菲政治犯救援小组的材料。联合国关于法外处决的特别报告员访问菲律宾时，菲政治犯救援小组也给其提供了大量帮助，使其与法外处决的受害者会面，并为其提供许多资料。
菲政治犯救援小组也积极从事东盟宪章中倡导的区域性人权机制的建章立制工作。这一机制设立的目的是为了解决东盟范围内人权侵权受害者获得司法救济的困难，这个设计中的区域性人权机制将有一个审理机构，可以方便国内人权侵权受害者将通过国内司法系统无法解决的案件提交上去。
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