在合作社的登记管理方面，2003年的《民政部关于加强农村专业经济协会培育发展和登记管理工作的指导意见》中指出：“对农村专业经济协会的登记管理工作应本着与时俱进、求实创新的精神，在不违背《社会团体登记管理条例》基本精神的基础上，可以适当放宽登记条件，简化登记程序。”民政部通过部门文件的方式对于合作经济组织的登记范围、业务主管单位和登记管理机关、登记条件和登记程序进行了具体的规定。2007年《农民专业合作社登记管理条例》出台，它是依据《中华人民共和国专业合作社法》制定的，其目的是为了确认农民专业合作社的法人资格，规范农民专业合作社登记行为。《农民专业合作社登记管理条例》有6章33条，包括总则、登记事项、设立登记、变更登记和注销登记、法律责任、附则等，它更加详细地规定了合作经济组织登记管理方面的问题，同时将其上升到了法律法规的高度，使之更具有约束力。
《农民专业合作社示范章程》由总则、成员、组织机构、财务管理以及合并、分立、解散和清算这几个方面的规定构成。它对于合作经济组织的内部管理具有很强的指导性，因为农民自发地组织起来建立合作社时，可能并没有能力独自起草一个全面和规范的章程，而《农民专业合作社示范章程》作为一个蓝本，将绝大多数的规定列示了出来，农民只要根据本合作社的具体情况，把基本信息填列清楚，就能够形成一个较规范的合作社章程。
农村财务会计管理制度一直是社会关注的焦点。《农民专业合作社法》发布后，中央高度重视相关配套措施的建立和落实，2007年中央一号文件指出，“各地要加快制定推动农民专业合作社发展的实施细则，有关部门要抓紧出台具体登记办法、财务会计制度和配套支持措施”。财政部发布的《农民专业合作社财务会计制度（试行）》，规定了各个合作社都将设置和使用会计科目，登记会计账簿，编制会计报表，并对合作社财务会计的管理和监督也做了相应规定。此法紧密结合了农民专业合作社的特点，科学规范、简单易行，这意味着农民专业合作经济组织的发展有了规范的财会制度保障。
在这一时期，各地也出台了一些政策法规来规范合作经济组织。浙江省于2004年11月11日浙江省第十届人民代表大会常务委员会第十四次会议通过了《浙江省农民专业合作社条例》，规范浙江省行政区域内的设立、分立、合并、终止农民专业合作社等活动，这是第一个综合性规范合作经济组织的省级法规。这些法规为后来的《中华人民共和国专业合作社法》积累了经验，奠定了基础。
这些规范性的法律法规是在总结我国合作经济组织过去30年发展经验的基础上产生的，对于我国合作经济组织未来的发展有着非常重要的意义。首先，这些法律法规标志着合作经济组织相关标准的逐步建立，合作经济组织的发展不再像以前一样缺乏统一规范；其次，这些法律法规对于合作经济组织的规范使得我国的合作经济组织逐步与世界其他国家接轨，这将大力提高我国合作经济组织的竞争能力，有力地促进合作经济组织对于农村发展的推动作用。
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