4.建立健全新型农村合作医疗的监督管理机构，明确职责分工，强化新型农村合作医疗监管，提高管理效率
按照国家的有关规定，新农合要建立起完善的管理、决策与监督体系，具体由四部门组成，即新农合的决策机构，主要负责新农合的宏观统筹规划及实施，协调各相关部门开展工作等；新农合的行政管理机构，负责新农合组织管理机构的设置，相关工作人员的配备及培训，对新农合法律法规实施的监督及检查，受理申诉，进行调解及行政仲裁等；新农合的业务管理机构，负责新农合基金的收缴及管理，保险待遇的计算及支付，医疗服务管理；新农合的监督机构，负责新农合的管理及运作的监督工作。以上四部门要独立设置，各负其责，新农合的决策机构由跨部门的专门机构或部门的联席会议负责；新农合的行政管理和业务管理要分开设立，行政工作由卫生行政部门承担，业务管理由隶属于卫生部门的新农合办负责；新衣合的监督机构由农村合作医疗监督委员会负责。各地在实践中，也大都落实了这些意见，并创新了一些管理模式，如引进商业保险机构分离新农合业务管理职责等。但部分地区也存在机构设置不全，人员配备不齐，职责分工不明，机构人员组成不合理等问题。各地应按照精简、效能的原则进一步完善机构设置、细化职能，提高管理服务效率。
目前，在新农合制度运行中，存在很多不合规的现象，如筹资中的“套资”、“钓鱼”、硬性摊派，医疗服务与消费中的小病大养、医患合谋、诱导需求，新农合资金被挪用、浪费等现象。这些问题如不能有效遏制，必将威胁新农合的有效运转，必须加强监管，提高监管效率。要真正做到这一点，还要做大量艰苦、扎实的工作。首先是真正发挥监督委员会的实质性监督作用。按照国务院文件精神“县级人民政府可根据本地实际，成立由相关政府部门和参加合作医疗的农民代表共同组成的农村合作医疗监督委员会，定期检查、监督农村合作医疗基金使用和管理情况”。各地在成立管理委员会的同时，都成立了监督委员会。然而实际上，在一些地方两个委员会的主任都是由县（市）长兼任，且多名成员交叉任职，还存在同一个部门的一、二把手分别在两个委员会任职情况。因此，必须遵循管理与监督分开原则，改变监督委员会与管理委员会的组成人员交叉任职现象，使其真正发挥实质性监督作用。其次要把各种监督形式，包括人大监督、审计监督、内部监督、媒体监督和群众监督有机结合起来，发挥各自优势，对合作医疗进行全方位的监督。最后是找准监督的重点，细化监督内容，实现监督的常态化、制度化。
5.加快医疗卫生体制改革，控制医疗费用的过快上涨
医疗费用过快增长是造成目前我国农民看不起病的重要原因，新型农村合作医疗虽能帮助农民解决一部分医疗费用，但个人或家庭仍需负担一部分，在医疗费用不断上升的情况下，这对个人或家庭来说仍是一笔不小的负担，还会使许多家庭因此而看不起病。另外，医疗费用的过快增长也会威胁到农村合作医疗的可持续发展。
控制医疗费用过快上涨，需要对症下药。从我国目前的情况看，医疗卫生体制改革不到位是导致医疗费用过快上涨的重要原因。我国医疗卫生体制存在的问题主要有：医疗服务机构过度市场化；医疗服务与药品提供不分家；医疗监管机构与医院结成利益共同体，不能有效监管医院的经营行为；药品流通、采购及医院的药品定价诸环节存在缺陷；医疗卫生机构布局不合理、总量不足、医疗服务市场竞争不充分，医院间的转诊机制不健全等。
改革现有的医疗卫生体制需要从多方面着手：①增加医疗服务机构总量，并坚持公益机构与营利性机构并重的发展方向。竞争的市场是改进产品质量、降低产品价格的必要条件，这一点同样适用于医疗服务市场。要破除现有的医疗服务市场过度垄断的问题，需要放宽医疗服务市场的准入限制，鼓励社会各方进入医疗服务市场，进行公平竞争。由于医疗服务市场存在严重的信息不对称问题，并极易形成垄断，光有医疗机构总量的增加，并不能解决看病贵、看病难问题，还必须从医疗服务机构的经营方向上进行规范。目前，政府要加大对现有公立医院的财政支持力度，将尽可能多的医院转化为公益性医院，同时也鼓励民间资本兴办公益性医院。②调整医疗资源布局，要大力加强农村社区与乡镇医疗服务机构的建设，完善医院的基础设施，充实医务人员数量，提高他们的业务素质，增强对病人就医的吸引力。③建立规范的转诊制度，分流就医人员，把一些不需要进入综合医院就诊的病人留在小医院就诊，缓解大医院的就诊压力。④探索医院医药分家的可行性及其实现路径，切断医院以药养医的途径。⑤探索药品流通体制、药品招投标制及卫生管理部门监管体制的改革方法，切实解决药品流通环节多，药品被层层加价，医疗管理机构对医疗服务机构、药品生产与流通环节监管不力的问题。
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