笔者一直对省直管县财政体制改革持批评态度，原因之一也正在于此。具体而言，首先，从宪法原理角度分析，央地关系与地方政府上下级之间的关系，应该是有本质区别的。单一制国家结构理论可以用来解释央地关系，但并非完全适用于地方上下级政府之间的关系。而鉴于地方差异等多方面的因素，实际上，地方上下级政府之间的关系也不应有绝对可靠的理论可予解释和调适。因此，套用分税制的原理，来解决省以下财政管理体制问题，实则是出现了根本性的错误。其次，即便不考虑原理的差异性，从改革的背景来看也是无法套用1994年的分税制改革方案来解决地方财政体制问题的。1994年分税制改革具有特定的时代背景，那就是中央政府出于完全弱势地位，央地关系面临“分崩离析”，所以才会出现名为“分税”实则为财政“集权”的改革。而之后的地方财政体制改革，无论是1996年开始的“省以下分税制改革”还是2009年全面展开的“省直管县”财政体制改革，都是在基层财政面临严重困境的前提下进行的，与分税制改革的背景具有质的区别。
2.省直管县改革蕴含的财政层级扁平化目标是否具有合理性？省直管县改革方案的推出，有一个理论预设：中国的五级政府五级预算是造成中国财政资金流转效率低下、地区财政发展不均衡和基础财政困难的重要原因。因此，从行政体制改革的视角来看，省直管县是实现政府扁平化的一个重要契机，借此机会，加快行政层级改革，由五级政府变成三级政府，省以下县、市分治，解除隶属关系，乡镇变成派出机构，从而地方政府变成省、市县两级政府。支持此观点的学者，往往会用国外的治理层级扁平化作为论据，而且将管理效率低下归咎于政府层级过多，并历数市管县的弊端。
实际上，看似正当的上述理由实际上也是欠缺深入论证的。首先，以他国的做法来衡量我国的行政体制是经不起推敲的，其逻辑上是说不通的。其次，将政府层级过多解释为财政管理效率低下的理由更是难以自圆其说。在委托一代理关系下，影响行政效率的不是层级，而是各级政府能否真正转变为服务型政府以及权限的集中程度。若是各级政府不转型，权限又过于集中，即使是省直管，行政效率也难以提高②。此外，市管县存在弊端的理由也难以支撑起省管县改革，因为无论是市管县还是省管县，都是各有利弊的。市管县可能一定程度上影响省级辖区内的均衡发展，但省管县又可能出现影响中心城市发展的问题③。
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