为把“三年扭亏”的压力转变为深化改革的动力，铁道部党组决定实行资产经营责任制，明确铁路局的市场主体地位，向铁路局下放经营权；同时建立起国有资产保值增值率、经营性资产收益率、投资收益上缴率和扭亏增盈、运输安全五项指标的考核体系。实行资产经营责任制，成效十分显著。全路形成了“指标到人头，核算到班组，考核到岗位”的局面。同时通过落实工效挂钩、竞争上岗、减员分流，使全路劳动、人事、分配三项制度改革得到空前推动。结果全路提前一年扭亏为盈，改变了铁路长期以来的被动局面，基本适应了市场经济发展的需要。
三、政企分开、体制创新
我国铁路在计划经济时期形成了“高度集中、大联动机、半军事化”和“大而全”、“小而全”的弊端，长期以来政企合一，这样给改革带来了极大的难度。1997年底国务院要求铁路政企分开，减员增效，就是要解决这一难题。
“九五”期问，特别是后三年，铁路改革深入发展，加大了力度，改革稳步进行，取得了显著成效。
1.政企分开，剥离非运输企业和非企业单位
铁道部按照政企分开和精干主业的要求，非运输企业脱钩重组进展顺利，铁路工程、铁道建筑、机车车辆、通信信号和土木工程五大公司与铁道部脱钩；非企业单位的10所普通高校及一批中专、技校、成人教育学校移交教育部或地方管理。
2.确立了铁路局的市场主体地位
随着市场经济的不断发展，铁路实行“政企分开、引入竞争机制”，将运输企业全面实行资产经营责任制，确立铁路局的市场主体地位，调动了企业面向市场、开拓经营的积极性。
3.确定了“客货分离”的运输管理体制
1999年10月，昆明、南昌、柳州、呼和浩特4个直管站段的铁路局进行“客货分离”，相继组建了客运公司，进行试点，取得了明显成效。2000年12月，广铁集团客运公司挂牌成立。2001年，其余各铁路局都开始组建客运公司，加快了铁路管理体制改革的步伐。
4.加快企业结构和生产布局调整
在企业结构和生产布局调整中，全路撤销了13个铁路分局，撤并了227个独立站段，撤销了一批中间小站和停办了一批过小车站的业务。
5.积极实施减员增效和再就业工程
“九五”期间后三年实现结构性分流80万人，运输主业分离30万人，净减员30万人。
6.改革劳动人事制度，建立竞争上岗机制。
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