宋朝东亚海上贸易活动的展开，推动日本武士与商人建立同盟，促进了海上贸易圈的扩大。12世纪下半叶，推动日、宋海上贸易的是日本的平家。时任播磨守和备前守的平忠盛（1096－1153年），曾伪造院宣（命令书），使宋船置于其支配下；其子清盛（1118－1181年）拥有“中国的扬州之金，荆州之珠，吴郡之绫，蜀江之锦，七珍万宝，无所不有”。他兴建大轮田泊（神户港），拓宽音户的瀨户航道，把宋之商船引进大阪湾，使日宋海上贸易相当兴旺。南宋中期，日本进入镰仓幕府时期（1186－1333年），宋商与日本的中央贵族，九州与中国地方的豪族以及博多商人间的贸易关系的发展，刺激了日本商人的冒险精神，北宋以来华船独往的局面结束，海盗与倭寇日益成为东亚海上正常贸易的最大威胁。
这个时期，宋、丽间的贸易和海上往来已经严重萎缩。南宋建炎二年（1128年）六月，宋为借“路迎请（被俘徽、钦）二帝”曾遣国信使杨应诚使丽；1136年，高丽也遣使回访，除此外，在以后的114年间两国几乎没有一次使节往来，双方官方关系似完全断绝，“维系双方关系的唯一纽带是宋商的活动，而其来往相等稀疏”。据《高丽史》记载，整个南宋时期赴丽贸易的宋商只有34次，其中在1127-1165年的39年间有26次，1166-1279年的114年间有8次；而且他们的身份有的相当模糊，如高丽明宗三年（1]73年）六月。不过，同北宋相比，这时参与每次贸易的人员却多了不少。北宋时期平均每次人数在50人左右，南宋时期则平均超过80人。例如，1148年（高丽毅宗二年）八月，有宋商都纲郭英、庄华、黄世英、陈诚、林大有等330人赴丽贸易。
南宋后期，宋丽间海上往来骤减与倭寇对高丽的侵犯有直接关系。13世纪后半叶至14世纪前半叶，倭寇开始出没高丽沿海。1223年，《高丽史》出现“倭寇金州”的记载。日本学者称倭寇是日本商人由被动转变为主动行动的“极不成熟的形态”，是日本自由商人的先驱；“寇商一体两面，市通，则寇转为商，市禁则商转为寇”。丽末，受蒙古势力的压迫，高丽国力疲弊，日、丽间“进奉船交易”全绝。日本的对马、壹歧、松浦的领主和领民遂转为倭寇，并在半岛南部沿岸建立武装移民的倭寇据点。这些倭寇“贼船出没无有定时，……彼贼多则千百成群，小则什伍为队，妖谋诡计，言所难穷……往往出我不意，肆其陆梁，多则虚张声势，指西向东，俟我兵势互分，潜为袭捣，或弃防戍而直趋居民，或舍居民而先袭防戍，少则预遣间谍，伺其富贵之家，潜为剽窃，比官兵得知而追逐，贼已饱载而遥遁。”1259年、1263年，高丽曾两度遣使日本要求严禁倭寇，但毫无效果。14世纪末，高丽将军崔莹、李成桂等对倭寇先后两次进行毁灭性打击后，倭寇向中国山东半岛转移。
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