总理衙门
这是有关外国事务的资料，时间从1860年到1901年，大约有10万件，包括与50个国家交往的资料，有些是外文的。资料是1949年前排列的，以后不知道是否进行过重排。
内阁档案
这里的资料包括内阁常规的题本、黄册、六科史书，以及外纪档。资料册按照月、年顺序编辑（题本和黄册的分类目录随后再讨论）。内阁档案始于康熙晚期，当时宫廷题本系统开始变得不太重要，只是一种补充。这里所藏资料包括常规和紧急向中央汇报的各省级的报告、朝廷的日常题本，以及已经收入档案书题本的副本。这些资料给清朝中央政府日常事务提供了非常重要的，如财政、人口、公共事务、司法、官僚政治、礼仪和防御等方面的信息。
还包括内阁官员的日常登记簿、满文和汉文的起居注、满文和汉文的《清实录》副本、编辑《清实录》和《大清会典》时所使用的材料和草稿。与编辑《四库全书》总目相关的一些材料也在其中，这些都是与明清思想史密切相关的材料。
有些内阁大库的材料，尤其是题本，出版于1949年前；其他部分则被运到了台湾。大多数的档案目录都完成于20世纪30年代，那时出版了几套目录，档案馆的职工现还在使用其中某些部分。1949年以后，只是对少部分档案进行了重新分类。将近200万份内阁题本中，有将近一半还像本世纪之初那样收藏着。有些资料，我们根本不可能看到，因此，我们只得在仅仅几件样品的基础上，对这里的全部资料做出判断。
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