《孔飞力中国学研究》主要环绕孔飞力撰写的学术著作展开研究。基本思路是：从方法论上，遵循史学史与史学理论研究的一般方法，分析孔飞力中国近代史研究的基本历程。其二，运用科学的辩证思维方法，历史与逻辑、分析与综合、归纳与演绎相结合，力图在阐述孔飞力各个阶段成果的基础上，概括孔飞力的中国史观、中国史研究特色、方法，评价其学术地位和影响。其三，借鉴运用多学科的研究方法。由于孔飞力的历史研究借鉴了社会学、政治学、人类学、心理学等多门社会科学的研究方法，因此，运用相关的社会科学的方法和理论去研究是必要的。

第一章 引言
第二章 《中华帝国晚期的叛乱及其敌人》：对晚清史的探讨
第一节 对中国民兵组织的研究
第二节 对晚清军事化与社会结构的分析
第三节 晚清绅权与中国社会控制研究
第四节 传统名流的解体与乡村社会
第五节 《中华帝国晚期的叛乱及其敌人》的史料利用

第三章 参加《剑桥中国史》编撰：对清王朝衰落、太平天国以及民国地方政府的研究
第一节 《剑桥中国史》丛书撰述简介
第二节 对清朝人口压力与“叛乱”关系的研究
第三节 晚清财政与王朝衰落及“叛乱”关系的研究
第四节 关于清朝几次农民“叛乱”的探讨
第五节 对太平天国运动的评价及其思考
第六节 对中国社会地方自治问题的研究

第四章 《叫魂》：对晚清变革前夜的反思
第一节 孔飞力撰写《叫魂：1768年中国妖术大恐慌》
第二节 对盛世妖术与流言传播的社会经济背景研究
第三节 对于谋反与汉化问题的探讨
第四节 对中国官僚君主制的剖析
第五节 《叫魂》对中国文献档案的研究和运用
第六节 《叫魂》的多学科研究方法

第五章 《现代中国的起源》：对现代中国政治起源的探讨
第一节 《现代中国的起源》的撰述缘起
第二节 《现代中国的起源》的主要内容
第三节 《现代中国的起源》的历史启示

第六章 《现代海外华人移民史》：对海外华人移民史的探讨
第一节 海外华人移民史研究的缘起
第二节 对海外华人移民史的研究
第三节 从海外移民史教学到新著的出版
第四节 对孔飞力海外华人移民史研究的初步看法

第七章 结语
第一节 论西方对近代中国政治的影响
第二节 孔飞力的中国史观与“一以贯之”的主线
第三节 孔飞力中国近代史研究的特色与史学启示
第四节 孔飞力中国近代史研究的局限
附录一 孔飞力学术年表
附录二 参考文献
后记