《台湾通史》内容起于隋大业元年，终于清光绪二十一年，时间横跨1290年，有纪四、志二十四、传六十。从最早到达台湾的开拓者，到清中后期抵抗日本侵略的志士将领，凡有关台湾的政治、军事、经济、物产、风俗、人物等等，均有论列。对大陆人民开拓台湾与台湾人民抗击荷、英、法、日等帝国主义的侵略战争叙述尤详。
    《台湾通史》典据精深，记述详明，因立足奠基台湾史，故史料编撰宁详勿略，宁取无弃。凸显“民贵”史观，对岛内民生之丰啬、民德之隆污，特别是攸关国民生计之官方奏疏一律详细载录，以供后人借鉴。对以往史书以“岛夷海寇”视之而一笔代过之郑成功驱逐荷兰殖民者以及其后率领大陆同胞迁台拓台的事迹给予重新矫正定位；对台湾人民介乎以卵击石、艰贞抵御日侮的历史详情，更是重笔彩墨，致意再三。全书既体现了台湾与祖国大陆在政治、经济、法律、典仪、文化、宗教等方面一脉相传的历史渊源，又突出了台湾的地方特色，安排有序，相得益彰。

    九年春正月，总督英桂命署道黎兆棠派员查勘，乃委江苏候补道胡斌与淡水同知会勘。据复海港东边之深澳、八堵、土地、公坑、竹篙厝、偏坑、田寮港、后山、石梗、暖暖、四脚亭、大水堀等处，皆属旁山，无碍正脉，远隔民居，且于田园庐墓亦无妨碍。计得九十二洞：闭歇者二十三洞，其煤已竭，地归山主；停办者二十一洞，以价贱滞销，流浅难运；现开者四十八洞，.而中如四脚亭四洞，夏秋之间亦流浅难运，俟八九月方可配出。于是传集山主及乡人士，妥定开采章程，立石为界，不许租与外人，并私相典卖。各洞相距南北二十五里，东西五六里。闭者不得再开，以七十洞为限。而煤户须本地人，又有亲族庐墓者，互相环保，其曾为洋行办事者不许。煤工亦须土著，家在五十里以内者方可用。每洞不得过二十人。煤户具保，所出之煤投行仲卖，官为督办，违者照罚。禁约虽开，而约束尚严也。当是时。基隆、沪尾已为通商之口，轮船出入，用煤日多，或运至福州、厦门，每年出产多至三四十万担，少亦十余万担。其煤三等：上日角煤，担值钱二百；次中煤，稍降；又次煤粉，最贱，仅得五六十文。此为在山之价。若运出市上，则视路之远近而差，照例每担征税五厘，唯船政局采用者豁免，而煤户亦无税。
    光绪元年，钦差大臣沈葆桢奏言：“台湾之地，病于土旷，而土旷之病，由于人稀。重洋远隔，势必获利三倍，而后内地力食之众，不召而来。然垦田之利微，不若开煤之利巨；垦田之利缓，不若开煤之利速。南北各省按日以煤炊爨，入冬以煤御寒，若出口畅旺，煤价必昂，于民间不无窒碍。而台湾则炊爨、御寒均无需此，除出口外，别无销路。虽其煤质松脆，不敌西洋之产，而较之东洋，尚去不远。然台煤虽富，年来开采仍不甚旺，其故由于滞销。西洋之媒，金山最伙，从前船只皆绕金山而来，货物之外，以煤压载，煤佳价平，固非台煤所能敌。自埃及红海开通以后，洋船无须绕道金山，而金山之煤遂稀，价亦日昂，而台煤仍不畅销。则必减轻税率，以广招徕。此后税率虽减，而人款仍不悬殊，则于民间生计当有起色。 
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再版说明
徐炳昶先生序
章太炎先生序
徐仲可先生序
林南强先生序
连横先生自序
凡例
卷一开辟纪
卷二建国纪
卷三经营纪
卷四独立纪
卷五疆域志
台南府
台北府
台湾府
台东直隶州
卷六职官志
卷七户役志
卷八田赋志
官庄
隆恩
抄封
番租
屯租
隘租
卷九度支志
卷十典礼志
庆贺
接诏
迎春
楷田
祭社
释菜
祭纛
大操
旌表
乡饮
祀典
卷十一教育志
卷十二邢法志
卷十三军备志
屯丁
隘勇
乡勇
师船
炮台
卷十四外交志
日本聘问
吕宋经略
英人之役
美船之役
牡丹之役
法军之役
卷十五抚垦志
卷十六城池志
台南府城(附郭安平)
嘉义县城
凤山县城
恒春县城
台湾府城(附郭台湾)
彰化县城
云林县城
苗栗县城
台北府城(附郭淡水)
新竹县城
宜兰县城
台东直隶州城
埔里社厅城
卷十七关征志
卷十八榷卖志
卷十九邮传志
卷二十粮运志
仓储
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卷二十一乡治志
卷二十二宗教志
卷二十三风俗志
卷二十四艺文志
卷二十五商务志
卷二十六工艺志
卷二十七农业志
卷二十八虞衡志
卷二十九列传一
卷三十列传二
卷三十一列传三
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