秦王朝建立后，秦始皇对中央政权机构进行了体制改革，即设“三公九卿”制。所谓“三公”，是指丞相、太尉、御史大夫。所谓“九卿”，是指奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府。
丞相是皇帝之下的第一高官，为文官之首，他的主要职责就是协助皇帝处理国家政务，切切实实是—人之下万人之上。
太尉是中央行政机构的军事首长，协助皇帝掌管全国军事，但是他没有皇帝的虎符不能擅自发兵、调兵。
御史大夫是皇帝的秘书长，皇帝的命令、国家法令等，由他转交丞相颁布，主要负责掌管图书、律令和文书，监察各级官员。
九卿是三公之下所设的行政机构，具体掌管各方面事务。
秦朝建国初期建立的“三公九卿”制，构成了秦朝完整的中枢统治体系，这个体系既继承了殷周的遗制，也采用了东方六国的相关制度，而更多的则是沿用秦国原有的职官制度。
秦朝的地方官制采用郡县制。主要有郡、县、乡、亭、里组成，郡是中央属下的区域，县是郡属下的区域，一县之内又分为若干个乡，一乡设十亭，一亭有十里。在里下面还有什和伍，十家为什，五家为伍。
秦始皇分天下为三十六郡，通过这样的一整套帝制机构，从中央到地方，从郡到县，从县到乡、亭、里、什、伍，层层严密控制，将所有的权力集中到了中央，再通过中央行政机构将权力集中到了皇帝一人手里。
在建朝初期，反对秦政权的人迫于秦王朝灭六国，一统天下的威严，不敢有放肆的举动。但随着时间的推移，那些反对者，特别是一些儒生，开始在思想界、舆论界制造混乱，攻击新政，一度引起社会动荡。这个问题随后引起了秦始皇的注意，他打算寻找机会解决。
公元前213年，秦始皇在咸阳宫举行宴会，宴请大臣。为了加强中央集权，李斯提出“焚书”建议，秦始皇立马批准。于是，全国各地到处浓烟滚滚，大批文献、典籍被焚毁。此“焚书”事件进一步加大了儒生和方士对朝廷的不满，双方矛盾继续激化，儒生和方士们纷纷上书请命、大造舆论。秦始皇对这些敢于反抗、散布“妖言”的儒生采取了坚决的镇压手段，先后逮捕了四百六十多名儒生，将他们全部坑杀于咸阳。这就是历史上著名的“焚书坑儒”。
解决了内部矛盾后，秦始皇为了使疆域更加辽阔。于公元前223年首先派大将蒙括率兵三十万，镇守北疆。经过几次大的战斗，攻取了河南（今内蒙古河套地区）、高阙（今内蒙古乌拉特中后旗西南）、阴山（今内蒙古狼山）、北假（今阴山以南）等地。然后在这些地方设置了三十四个县，筑建了县城。在公元前221年，从中原地区迁移三万多户人家到这些地方落户。接着，秦始皇在秦、赵、燕三国原有长城的基础上，加以连接、修补，构筑了西起林（今甘肃岷县）东至鸭绿江的万里长城。
自此“三公九卿制”的成果得以显现，通过对“三公九卿”制的实施，秦始皇不但完全树立了皇帝的无上权威，确立了秦朝的正统地位，还颁布了各项统一法规，划定了统一的国家疆域，一个空前庞大的封建帝国，秦王朝就此诞生。
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