第一是开发风险。企业技术创新的过程就是在现有技术平台进行技术成果转化和更高技术在探索的过程。任何技术在探索和科研新成果商业化的过程中，由于技术创新还具有未知特性和研究成果转化艰难性，这一特性通常在技术创新成果具体应用于生产经营的过程中逐步显现，使得许多科研项目因资金难以为继和企业现有的技术力量薄弱而中途夭折。开发风险的另一表现是，由于区域产业集群内部企业联系的紧密性和人员流动的便利性，企业技术创新成果应用的过程也面临技术成果外泄，致使企业不能取得预期效益。
第二是组织风险。企业从事技术创新活动时，通常采取成立技术创新小组联合攻关的方式。由于企业技术创新小组的攻关水平主要取决于小组成员的整体知识、能力和创造才能，因而这种集体从事创新活动的组织体制使企业和科研人员都面临风险，企业面临的风险是一旦创新小组的骨干成员跳槽离开企业，企业的技术创新活动将陷入困境甚至中断，资金投入的损失可以计算，但技术创新活动的中断带来的时间损失进而影响企业竞争力的提高所带来的损失则无法估量。技术创新人员面临的风险是一旦被企业解雇，他们经过多年学习、研究而获得的知识、技能和科研成果可能大幅贬值，因为这些知识、技能和科研成果大都具有企业专用性质，很难为其他企业模仿或利用。另外由于科技创新活动的集体性质，科研人员的个人贡献很难评估，从而使得按劳分配原则难以落实，影响继续技术创新的工作积极性。
第三是战略决策风险。企业在制订技术创新战略时必须对技术创新的费用和预期产生的收益进行比较，必须对技术引进的代价和技术创新的成本进行比较，必须对技术创新演进的方向和路径进行充分论证以符合企业经营和技术发展方向的需求。因为决策者在制订技术创新战略决策时，或者在解决创新资源的配置过程中出现的疑难问题时，没有可供利用的现成方案。一旦技术创新的战略决策发生结构性和方向性偏差，企业的技术创新就有失败的危险，使企业错过提升技术水平的良机，对企业的发展十分不利。
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