第一，思想政治理论课教学科学化水平欠缺。主要表现在：一是教学内容针对性不强，部分任课教师缺乏与学生密切接触的渠道，不了解学生的实际情况和思想观念，导致教学内容的选择陈旧，缺乏吸引力和时代性。大学思想政治理论课与中学政治课在内容上的简单重复和解读方式上趋同，也影响了学生学习的兴趣。二是教学方法略显单一，教学依然以灌输为主，师生交流不够，课堂显得呆板，没有生气。实践教学也没有真正有效地层开。三是评价手段不够科学，考试考查方式还没有脱离应试教育的藩篱，考题的设置局限于基本概念和原理的简单掌握，缺乏对学生理论思维能力的深入考查，其结果是学生在闭卷考试时死记硬背，在开卷考试中简单抄书，背离了思想政治理论课通过训练学生的理论思维形成相对成熟的世界观、人生观和价值观的教育目标。
第二，日常思想政治教育针对性不强，教育手段尚欠丰富。这里讲的大学生日常思想政治教育主要是指除思想政治课教学以外的其他教育形式，如学术活动、社会实践活动、心理健康教育、党团活动等。它是大学生思想政治工作的有机组成部分，是对大学生进行思想教育和日常管理最基本最重要的途径，对大学生政治素质的提高和良好品德的养成具有无可替代的特殊作用。目前，日常思想政治教育实效性不高的原因，一方面在于思想政治教育工作者不能及时准确地把握学生思想实际，导致思想政治工作与学生需求脱节；另一方面，高校思想政治教育内容还显得陈旧，手段单一，对学生的主体性作用的发挥关注不够。
第三，思想政治教育队伍建设有待完善，全员育人的意识不足。高校思想政治教育工作队伍的主体是学校党政干部和共青团干部、思想政治理论课教师和哲学社会科学课教师、辅导员和班主任。其中，辅导员和班主任是这支队伍中最基础、最重要的一环，因为他们最贴近学生，最了解学生，对学生的影响也最大。他们的素质对学生人生观、价值观的形成，对学生健康人格的塑造有着非常重要的影响。而目前，这支队伍普遍比较年轻，缺乏思想政治教育学、心理学、教育学等相关专业知识，与学生有效沟通、应对突发事件、指导学生生活学习等专业能力还需要提高。此外，值得注意的问题是，思想政治教育不仅仅是思想政治教育工作者的事情，也是学校各个职能部门和所有教师共同的职责，但是相当一部分教师认为对学生进行思想政治教育与己无关，个别教师甚至在课堂上散布错误的政治观点和言论，对青年学生造成不好的影响。
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