《中国儒学史·明代卷》对明代儒学的叙述，主要放置于当时文化政治环境下，根据各时期发展的特点采取不同方式进行叙述。明朝中前期的儒学发展，挑选主要代表人物进行讲解，并由此衍射至其他人。而关于阳明之后明代中后期儒学的叙述，则不限于阳明弟子，虽然阳明弟子是十分重要的方面。即使对阳明弟子的叙述，也不采用“阳明学”的研究方法，即分其弟子为现成派、归寂派、修正派等，而是采取分地域介绍阳明弟子的做法。这样做可以避免在分派上过多的理论枝蔓，而直接切入其学说及产生这些学说地域上的原因，更多的具有思想史和文化史的色彩。此外明代的民间讲会非常兴盛，对于明代儒学尤其是阳明学的发展有着很大的影响，目前学界这方面的研究成果非常丰富，为避繁冗，《中国儒学史·明代卷》的论述以主要学者的思想宗旨及其发生的影响为主，其他则不过多涉及。

导言　明代初年国家的儒学政策
第一章　明代初年的儒学
第二章　明代前期的儒学
第三章　陈献章、湛若水与明代心学的起始
第四章　五阳明的儒学思想
第五章　浙中王门的儒学思想
第六章　江右王门的儒学思想
第七章　泰州诸人的儒学
第八章　明代中后期王门以外的著名儒者
第九章　丘濬与张居正的儒学与吏治
第十章　东林与蕺山的儒学思想
第十一章　明代经学概述
第十二章　明代儒学与宗教思想的融合会通