《微生物在药物研究中的应用》采用基础与实际应用并重的方式，对微生物在药物研究中应用的原理、技术方法、研究成果及应用等方面做了系统的论述，特别是对新发展起来的双向固体发酵、宏基因组学、组合生物催化和微生物浸出、海洋微生物炮制中药等多项技术进行了比较详细的讨论。微生物在药物的发现、转化修饰和生物合成等方面发挥着日益重要的作用。
    《微生物在药物研究中的应用》可供从事微生物药物研究的相关人员参考，也可作为高等院校相关专业的教师、本科生、研究生的教学及科研参考书。

    目前微生物生态系统泛基因组研究中一个最成功的模式就是研究极端酸矿废水中各种微生物的功能及其作用。这个研究成果发表于2004年的Nature杂志。研究表明在酸矿废水中，氧化铁钩端螺菌群Ⅱ在数量上处于优势菌群，这类细菌和铁原体属细菌通过铁的氧化负责群落能源的供应，在氧化铁钩端螺菌群Ⅱ、Ⅲ细菌中均发现与细胞色素C相类似的电子传递链，负责能量的传递。但研究发现氧化铁钩端螺菌群Ⅱ没有与固氮相关的基因，而氧化铁钩端螺菌群Ⅲ细菌有相关的基因，虽然群Ⅲ细菌在群落里不占优势，但认为这是非常关键的一类细菌，它可能负责整个群落一个不可或缺的要素，即群落氮源的供应。
    此外还发现铁原体属也没有与固氮相关的基因，但细胞中有许多转运体，很可能这类细菌负责氨基酸和氮素营养成分的转运。对这个群落基因组的研究表明，酸矿环境中细菌的功能基因大多是负责解除重金属离子及强酸对细胞危害的相关基因，维持细胞内中性的pH值，维持正常生理范围内的离子浓度。 
    ……

第1章 微生物发酵技术在药物研究中的应用
1.1 微生物发酵药物的基本概念
1.1.1 微生物发酵药物的概念
1.2 微生物发酵药物的原理和技术方法
1.2.1 微生物发酵药物的原理
1.2.2 微生物发酵药物技术方法
1.3 微生物发酵技术在药物研究中的应用
1.3.1 促进植物药物有效成分溶出，增强药效
1.3.2 双向发酵炮制有毒中药，降低有毒成分的含量、提高药用价值
1.3.3 利用真菌发酵废弃药渣，变废为宝，拓展和利用资源
1.3.4 利用植物内生菌发酵，直接提取植物活性成分
1.3.5 利用药用植物毛状根发酵，获得多种活性成分
1.3.6 利用共生菌发酵，发现药物新成分
1.4 展望
参考文献

第2章 微生物转化技术在药物研究中的应用
2.1 微生物转化药物的基本概念
2.1.1 微生物转化药物的概念
2.2 微生物转化药物的原理和技术方法
2.2.1 微生物转化药物的原理
2.2.2 微生物转化药物的技术和方法
2.3 微生物转化在药物研究中的应用
2.3.1 微生物转化在药物前体和具有治疗作用的活性物质生产中的应用
2.3.2 微生物转化在甾体类药物研究中的应用
2.3.3 微生物转化在手性药物研究中的应用
2.4 微生物转化在天然药物定点修饰研究中的应用
2.4.1 甾体类天然药物的转化定点修饰
2.4.2 黄酮类中药成分的微生物转化
2.4.3 萜类成分的微生物转化修饰
2.4.4 皂苷类成分的微生物转化修饰
2.4.5 香豆素类成分的微生物修饰
2.4.6 生物碱类成分的生物转化
2.5 微生物转化在提高天然药物水溶性研究中的应用
2.6 物体外转化可以作为模型帮助确定药物代谢途径
2.7 展望
参考文献

第3章 
3.1 微生物组合生物合成的概念
3.1.1 微生物组合生物合成的概念
3.2 微生物组合生物合成技术的原理和策略
3.2.1 微生物组合生物合成技术的原理
3.2.2 微生物基因簇和组合生物合成的策略
3.2.3 微生物基因簇组合生物合成天然产物的策略
3.3 微生物基因簇在药物生物合成中的应用
3.3.1 放线菌基因簇在药物生物合成中的应用
3.3.2 黏细菌
3.3.3 假单胞菌
3.4 展望
参考文献

第4章 肠道微生物代谢技术在药物研究中的应用
4.1 药物肠道微生物代谢的基本概念
4.1.1 肠道微生物概念
4.1.2 肠道微生物和药物代谢的关系
4.1.3 肠道菌药物代谢的概念
4.2 肠道微生物代谢药物的基本原理和技术方法
4.2.1 肠道微生物代谢药物的基本原理
4.2.2 药物肠道代谢的基本反应
4.2.3 药物肠道菌代谢的模型
4.2.4 药物代谢的检测方法
4.3 肠道微生物对药物的转化在创新药物研究中的应用
4.3.1 肠道微生物的种类
4.3.2 肠道微生物的转化酶
4.3.3 肠道微生物对药物转化的主要反应
4.4 应用举例--计算机模拟全自动控制-体外胃肠道模拟系统（TIM）在药物生物代谢解毒中的应用
4.4.1 TIM系统
4.4.2 重组酵母对反式肉桂酸的代谢（实例）
4.5 展望
参考文献

第5章 海洋微生物在药物研究中的应用
5.1 海洋微生物及海洋药物
5.1.1 海洋微生物的概念
5.1.2 海洋药物的概念
5.1.3 海洋微生物药物产物来源
5.2 海洋微生物的分类及特点
5.2.1 海洋放线菌
5.2.2 海洋真菌
5.2.3 海洋蓝细菌
5.2.4 海洋真核微藻
5.2.5 变形细菌
5.2.6 假单胞菌、弧菌及其他
5.3 海洋微生物药物研究的技术和方法
5.3.1 宏基因组的概念
5.3.2 宏基因组学的研究方法
5.3.3 宏基因组文库的建立及其克隆体系
5.3.4 宏基因组学在应用中亟待解决的问题
5.4 海洋微生物药物与海洋微生物次生代谢产物的研究
5.5 已经进入临床和临床前研究的海洋微生物次生代谢产物
5.5.1 Didemnin B
5.5.2 Dolastatin 10
5.5.3 Dolastatin 15
5.5.4 Ecteinascidin743
5.5.5 Salinisporamide A
5.6 海洋微生物的生物合成途径
5.6.1 海洋药物研究现状
5.6.2 海洋微生物次生代谢物生物合成基因簇
5.7 海洋无脊椎动物共生菌次生代谢分离技术
5.7.1 研究现状
5.7.2 海洋微生物分离方法
5.7.3 化学检测方法
5.7.4 成像技术
5.8 展望
参考文献

第6章 微生物浸出技术在中药创新研究中的应用
6.1 微生物浸出的概念
6.1.1 微生物浸出炮制中药概念的提出
6.1.2 微生物浸出矿物中药的原理
6.2 微生物技术在矿物中药创新研究中的应用
6.2.1 微生物浸出技术在提高难溶中药水溶解性研究中的应用
6.2.2 海洋微生物代谢技术在中药炮制研究中的应用
6.3 应用实例
6.3.1 雄黄微生物溶解液药物动力学研究
6.4 展望
参考文献