朱元璋称吴王时，罢废诸翼统军元帅，设i‘L卫亲军指挥使司：武德卫、龙骧卫、豹韬卫、飞熊卫、威武卫、广武卫、兴武卫、英武卫、鹰扬卫、骁骑卫、神武卫、雄武卫、凤翔卫、天策卫、振武卫、宣武卫、羽林卫。
创建明朝，建元洪武以后，朱元璋改设亲军都尉府和仪銮司。洪武十五年（公元1382），朱元璋罢废亲军都尉府和仪銮司，设置锦衣卫，下属南北镇抚司十四所，设官将军、力士、校尉，负责护驾侍卫、查察缉捕。随后，正式设置护卫亲军上十二卫：锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫。
亲军上十二卫是负责护驾左右、护卫宫禁的皇帝侍卫禁军，这些军士都是通过精选以后经严格训练而人选的身材健壮、武艺不凡的将士。朱元璋出于安全和笼络的考虑，又下旨选公、侯、伯、都督、指挥诸人的嫡次子组成亲兵，称勋卫散骑舍人，这支贵族子弟卫队既是笼络的需要，也是人质的考虑，让子弟人值迫使其父兄忠诚于帝国。这些勋卫散骑舍人的贵族卫队象征意义多于侍从意义，皇帝并不想依赖他们确保安全。
亲军上十二卫都有严格的建制，待遇也在众军之上。锦衣卫共1500人，设大汉将军、将军、力士众官；卫士称校尉；军中设千户、百户、总旗官。朝廷重大典礼时，包括皇宫三大节的万寿节、元旦、冬至和册封、祭祀、登基、传制等，侍卫3000人全值；平时则是轮番值宿，护卫宫禁。锦衣卫自成军制，自行操练，下值后训练极严。卫中缺额到50人时方才补齐。月粮两石。卫士们积功可升迁百户、千户。军士、将官死亡，允许其魁梧健壮、武勇过人的血亲子弟顶替，没有的则从军士和民户中精选。
旗手卫的前身是旗手千户所，洪武十八年（公元1385），朱元璋下旨升旗手千户所为旗手卫。旗手卫负责大驾金鼓、旗纛，统率力士随驾宿卫。就是说，旗手卫有两大职责：主要职责是执掌御驾所用的金鼓、旗帜；其次的职责是侍卫亲军所共同的——护驾左右，宿卫宫禁，负责皇室的安全。
旗手卫设校尉、力士，都是从民间中选拔壮健的民丁充任。校尉的职责是专门执擎卤簿仪仗，还负责御驾前宣召文武官员和奉旨承办特殊事宜。在编制上，旗手卫校尉不属于旗手卫，而是属于亲军第一卫的锦衣卫。这样设置，大概因为是旗手卫单设一卫是出于对金鼓、旗纛的尊崇，而掌擎卤簿仪仗的校尉不隶旗手卫，直属锦衣卫则是出于对特殊身份的校尉的直接控制，卤簿仪仗实在太重要，不能有任何差错。旗手卫力士专门负责金鼓、旗帜、随御驾出入宫禁，还有一个职责便是守卫宫禁四门。很显然，力士身份不如校尉，金鼓、旗帜不能和卤簿仪仗分庭抗礼，所以，力士隶属于旗手卫。
旗手卫是侍卫亲军上十二卫中的一支身份特殊、职责明确的侍卫亲军。每年岁祭旗头六纛之神，仪式都十分隆重。祭祀仪式是在秋8月举行，设立神坛，旗手卫卫士、将官临坛祭祀，场面很是壮观。除了8月设坛祭祀，在12月于承天门外还有隆重而庄严的祈祷仪式。承天门是皇城正门，就是后来的大明门和清代的天安门，这里是皇宫的象征，在这里冬日致祭，可见王朝对其的礼重。
旗手卫下属五所。
府军前卫在亲军上十二卫中位居第三位。府军前卫是一支独特的侍卫禁军。早在朱元璋创建卫队之初，便特设带刀舍人。建元洪武时，府军前卫等卫队负有特殊使命，设习技幼军。府军前卫掌统领幼军的选拔、训练、修习诸事宜；正式成为前卫卫士的称为带刀官，轮番带卫侍卫。明成祖朱棣在位时，推重府军前卫。永乐十三年（公元1415），成祖朱棣下道特别圣旨，为皇太子简选幼军，专置府军前卫，设置官属。府军前卫总带刀官40人，官属包括：指挥使5人、指挥同知10人、指挥佥事20人、卫镇抚10人、经历5人。
府军前卫统辖二十五所。
其余金吾卫、羽林卫、府军卫、虎贲卫等上十卫主要职掌是守卫巡警，负责宫禁安全。
皇帝生活的宫城历朝历代都被视为人间禁地，称为禁城、紫禁城、紫宫。早在汉代，学者司马迁就记载说，北天中央有三垣星宿，就是紫微垣、太微垣、天市垣。中垣紫微垣是中天的中心，是天帝居住的地方。所以，人间至尊皇帝生活的宫城也被称为紫宫、紫禁城。汉代后廷正宫未央宫就称做紫微宫。汉代的皇宫又称为紫宫。唐学者李贤论述说：天有紫微宫，是上帝之所居也；王者立宫，象而为之。
明代时，皇帝生活的宫城称为紫禁城。明初建都南京，太祖朱元璋营建宫室，南京宫城称为紫禁城。明成祖永乐时期迁都北京，北京宫城也称紫禁城。明初南京宫城有四个宫门：南为承天门、北为玄武门、东为东华门、西为西华门。北京宫城称为紫禁城，也是四个门，这是皇帝和后妃们生活起居的所在。明宫皇帝亲军的上十二卫以护卫宫禁为首要职责，就是分布在宫禁四周。
宫城南门承天门是宫城正门，门外金水桥下是清澈的外金水河。金水桥外便是王朝的政务机构所在地，朝廷部院寺监办事大堂都集中在这里。从承天门往南中轴线两边是朝廷的主要办事机构，左边依次为宗人府、吏部、户部、礼部、兵部、工部；右边依次为中军都督府、左军都督府、右军都督府、前军都督府、后军都督府、鸿胪寺。就是说，左边是政务机关，右边是军事机构的五军都督府。五军都督府各大堂右边，从北到南驻守的便是上十二卫中的第一大卫锦衣卫和第二大卫旗手卫。锦衣卫北为下情直达皇帝的特别机构通政司。旗手卫南为负责天文历法、观察天象的钦天监。紧挨北门玄武门北部的是金吾后卫和左羽林卫。
明朝建立后，王朝内部的太平局面久久没有到来。血腥和恐怖气氛在朱元璋统治期间一直笼罩着朝廷上下。这并非是由于有些人试图推翻刚刚成立的王朝，而是明王朝的最高统治者朱元璋在登基后，不再信任与他一同创业的文武勋臣。
早在朱元璋称帝之际，他的谋士刘基就进言道：“宋、元宽纵失天下，今宜肃纪纲。”意为宋朝和元朝的皇帝对待臣下太宽纵了，因而臣下胆大妄为，不肯尽忠，导致丧失了天下，这点朱元璋十分赞同。故而朱元璋对臣下采取残忍举动是早有思想准备的。自洪武十三年起，朱元璋发动了一个又一个扫除假想敌的血腥政治风暴。贯彻朱元璋杀戮旨意的工具就是他的侍卫亲军。侍卫亲军奉旨进行了四次大规模的屠杀。
四次清洗运动是指洪武十三年的宰相胡惟庸案、洪武十五年的空印案、十八年的户部侍郎郭恒案、二十六年的大将军蓝玉案。从公1380至公元1393年的前后14年中，还有大大小小的清洗事件，清对象有军中高级将领、朝廷高中级官员、皇亲国戚、乡绅百姓、商贾生等。每次清洗的程序大致是：禁卫军奉旨捉拿首犯、立案侦缉、致牵引捉拿，每案牵连人数达数万人。有些案件就是由锦衣卫告立案的。大将军蓝玉案，就是由锦衣卫指挥蒋某告发的。蒋某据士的秘密奏报，上奏皇帝，指控蓝玉将军阴谋发动兵变。结果，大军蓝玉在出征蒙古取胜归来后仅三个月，就被禁卫军奉命当众解。
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