《百年清学研究九论》首先鸟瞰式地论述了20世纪清代学术史研究取得的成就和演进的历程，依各时代特点将整个20世纪清代学术史研究的历程划分为中西结合研究、社会史与学术史互动研究和跨学科研究三个阶段。然后对该领域八位有代表性学者进行个案研究，归纳出每位学者研究的特点。如梁启超的研究重视汇通中西文化的学术思想、注重揭示学术与政治的联系；钱穆善于运用多种类型的比较方法评论清代学者，并且在书中以天下为己任，提倡民族精神；侯外庐研究中历史感与现实感息息相通，注重民族化特点；杨向奎治学博大、文理贯通，继承并发扬了侯外庐社会史与学术史紧密结合的研究风格；周予同治学精深，文章浩荡畅达，其站在史学家立场纵论清代今文经学；张舜徽治学气象博大，而且精于考证，常突破前人成说，提出己见；谢国桢注重对明末清初风格豪迈、气节坚贞、博大精深和务实学风的揭示，反映了他学术研究的旨趣；王树民治学善于提纲挈领，好作深沉之思，其个案考察与宏观论述并重。

题记
20世纪清代学术史研究回顾
一、从梁启超到钱穆：注重清代学术变迁与政治的影响
二、从侯外庐到杨向奎：社会史与学术史互动研究
三、当代学者采用跨学科的多维视野研究

梁启超与清代学术史研究
一、梁启超晚年从事清代学术史撰述的动因
二、注重揭示各种学术思潮和学派兴衰的内在因果关系
三、重视汇通中西文化的学术思想
四、善于总结清代学者治学精神与方法

钱穆《中国近三百年学术史》三题
一、钱穆《中国近三百年学术史》成书原因
二、钱穆对清代学者的比较研究
三、何以没有为章太炎“留一席地”？

侯外庐对清代学术史研究的贡献
一、历史感与现实感的息息相通
二、社会史与学术史研究的紧密结合
三、实事求是的治史原则
四、不拘一格的研究方法

杨向奎与清代学术史研究
一、十年一剑：《清儒学案新编》的编撰
二、双峰对峙：朴学派之考据与常州派之经学

周予同论清代今文经学
一、有关清代经学史研究的系列著作
二、论清代今文经学兴起缘由并于比较中透视其发展历程
三、论清代今文经学的功过得失及其对新史学发展的影响

张舜徽论清代学术
一、创开辟蹊径之功的五部清代学术史研究专著
二、综论清代学者的治学精神与方法
三、评判清代学术的流派和趋向
四、考证精细，突破前人成说，提出己见

谢国桢与清代学术史研究
一、谢国桢有关清代学术史研究著作概述
二、论明末清初的学风
三、论乾嘉时期的学术成就
四、论晚清学术的嬗变

王树民与清代学术史研究
一、王树民有关著作简介
二、对清代学者的个案考察
三、纵论清代学术发展大势
主要征引书目