城市生态系统是一个由众多因子构成、涵盖领域广泛的复杂大系统，而且这些因子之间相互影响、相互制约。为此，在建立城市生态安全指标体系之前，应该确定指标选择原则。城市生态安全指标筛选必须达到三个目标：一是指标体系能完整准确地反映城市生态安全状况，并能够提供现状的代表性信息；二是对生态环境的生物物理状况和人类干扰进行监测，寻求自然压力、人为压力与生态安全变化之间的联系，并探求生态与环境安全的主要原因与重要过程；三是定期为政府决策、科研及公众要求等提供城市生态安全现状、变化及趋势的统计总结和解释报告。因此，筛选指标应该遵循以下原则。
1）科学性
在评价时，指标体系一定要建立在科学的基础上，能客观和真实反映系统发展的状态、各个子系统和指标间的相互联系，并能较好地度量研究目标的实现程度。
2）目的性
指标体系应是对评估对象的本质特征、结构及其构成要素的客观描述，应为评估活动目的服务，针对评估任务的要求，指标体系应能够支撑更高层次的评估准则，为评估结构判定提供依据。目的性原则是建立指标的出发点和根本，衡量指标体系是否合理有效的一个重要标准就是其能否满足评估目的。
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