阴阳学说的基本内容包括阴阳对立制约、互根互用、消长平衡、阴阳转化、阴阳主从等方面。阴阳学说言明事物之间是普遍联系的，它们相互依存，互根互用。又言明阴阳是相对的，在不同环境当中阴阳属性可以发生变化，甚至互相转化。如白天属阳，夜晚属阴。那么白天的上午阳光逐渐增强，则相对于下午属阳，相应的，下午属阴。当阳气达到最大时的正午之后，阳气就开始收敛，直到子夜，阳转为阴。阴阳学说中比较容易被忽视的是阴阳之间的从属关系。根据《黄帝内经》对阴阳的记载可以看出，阳相对于阴显得更加重要。在《素问·生气通天论》中有言：“凡阴阳之要，阳密乃固，两者不和，若春无秋，若冬无夏，因而和之，是谓圣度”“阳气者，若天与日，失其所，则折寿而不彰，故天运当以日光明。”可见阳气的重要性。就人体生死而言，阳为功能，阴为物质。人能活动、思考是阳的作用；人体的骨骼肌肉为物质，属于阴。人活着是躯体物质与功能共同作用的结果，也即阴阳二气共同作用的结果。而人死躯体还在，也就是阴还在，但生命功能却失去了，也就是阳不在了。可以看出，阳对于维持人体生命的重要作用。
在中医理论体系中，处处体现着阴阳学说的思想。用阴阳学说来阐释人体的组织结构、生理动能、病理变化，以及药物性能等，并指导疾病的诊断和治疗。
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