《蛋白质分析实验技术指南》包含非常实用的8个模块：蛋白质样品的制备；蛋白质定量、电泳与染色分析；蛋白质的原核表达与纯化；蛋白质与蛋白质相互作用的研究；蛋白质与核酸相互作用的研究；差异表达蛋白质分析；磷酸化蛋白质的检测与分析；蛋白质质谱鉴定。该书的整体设计合理，实用性强，其中特别值得一提的是除了详尽的实验过程描述以外，作者还在每页增加了需要注意事项的说明，有助于解决实验过程中出现的问题。

模块一 蛋白质样品的制备
1-1 总蛋白质样品的制备
1-2 亚细胞器蛋白质样品的制备
1-3 修饰蛋白质样品的制备

模块二 蛋白质定量、电泳与染色分析
2-1 蛋白质浓度测定
2-2 聚丙烯酰胺凝胶电泳
2-3 蛋白质凝胶染色分析

模块三 蛋白质的原核表达与纯化
3-1 蛋白质的原核表达及检测
3-2 GST融合蛋白的纯化
3-3 多聚组氨酸融合蛋白的表达与纯化
3-4 MBP融合蛋白的表达与纯化

模块四 蛋白质与蛋白质相互作用的研究
4-1 酵母双杂交系统检测蛋白质的相互作用
4-2 酵母双杂交系统筛选相互作用的蛋白质
4-3 免疫共沉淀检测蛋白质的相互作用
4-4 蛋白质亚细胞共定位
4-5 融合蛋白沉降技术分析蛋白质的相互作用

模块五 蛋白质与核酸相互作用的研究
5-1 启动子调控元件分析
5-2 电泳迁移率实验分析
5-3 染色质免疫沉淀法分析
5-4 细胞瞬时相互作用分析
5-5 酵母单杂交分析
5-6 PCR辅助蛋白质一DNA序列特异性分析

模块六 差异表达蛋白质分析
6-1 双向电泳法分析差异表达蛋白质
6-2 荧光标记差异分析凝胶电泳法分析差异表达蛋白质
6-3 同位素标记法分析差异表达蛋白质

模块七 磷酸化蛋白质的检测与分析
7-1 32P放射性标记检测
7-2 PRO-QDiamond染色法
7-3 磷酸化抗体检测法
7-4 亲和富集法
7-5 固相金属离子亲和色谱法
7-6 强阳离子交换色谱(SCX)法
7-7 磷酸化肽段和磷酸化位点的质谱鉴定

模块八 蛋白质质谱鉴定
8-1 凝胶分离样品的质谱鉴定
8-2 液相色谱分离样品的质谱鉴定