在这场讨论的过程中，牛顿乘机更充分地说明他关于光的本性的观点。胡克持着光是一种物质材料的学说来责难他。事实上牛顿这时非常不喜欢较为猜测性的那类假说，他的目的是创造一种直接基于观测而不含有就事物的隐藏的机制所做的一切想象的理论。“他常常，”麦克劳林说，“称他的哲学为实验哲学，顾名思义，它与那些仅仅是天才和虚构的产物的体系之间有根本差别。”“假说，”牛顿自己说，“在实验哲学中是不考虑的。”因此，在对胡克的批评的答复中，他断言他关于颜色的观点与光学过程的终极性质的任何特殊构思没有任何联系。然而，为了把它们与胡克的假设联系起来，并确信颜色是光的固有特征，他推断它应该与微粒的某些确定性质或“以太”振动相联系。他注意到，对应于不同颜色的微粒理应像发出不同音高的发声物体那样，在“以太”中激起不同类型的振动：而“如果通过任何方法使那些不同大小的（“以太”振动）互相分离，那么最大的振动引起一种红色感觉，最小的或最短的引起一种深紫色感觉，而中间的振动引起居间的颜色感觉。”
这句话是单色光按本性实质上是周期性的这一原理的第一次阐明，而且周期的不同与颜色的不同相对应。它与声音的类似是显然的；“很大程度上像空气振动的方式，按照它们的不同大小，激起不同的声音感觉。”他说，而不妨顺便注意到，牛顿联系声音的解释而提出的在弹性媒质中周期振动的理论，理应使他有资格在那些在光的理论上发挥最大影响的人中占有一席之地，即使他没有对后一课题作出直接贡献。
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